生物物理

巻頭言

評価について思うこと

齋藤正男

2007 年 47 巻 5 号 p. 283
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.283

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ミニ特集

ミニ特集に寄せて

片岡幹雄

2007 年 47 巻 5 号 p. 286-287
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.286

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時間分解共鳴ラマン分光法で観るヘムタンパク質の構造ダイナミクスと機能発現機構

水谷泰久

2007 年 47 巻 5 号 p. 288-294
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.288

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In numerous biological processes, the ensuing protein structural changes accompanying a reaction at a specific site must spatially extend to the mesoscopic dimensions of the protein to achieve a biological function. The molecular mechanism of cooperativity in oxygen binding of hemoglobin is one of the classical problems in this aspect. This review describes our recent works on protein dynamics of myoglobin and hemoglobin by using time-resolved resonance Raman spectroscopy.

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高分解マイクロ波誘電分光による筋肉タンパク周りの水の回転運動特性と筋肉収縮の分子メカニズム

鈴木誠, 宮崎崇

2007 年 47 巻 5 号 p. 295-301
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.295

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A precision microwave dielectric spectroscopic technique has been developed. This technique enables us to analyze hydration properties of ions, proteins, and other biomolecules. φ-scan method gives an image of the information of spatial distribution of dielectric property of water surrounding protein molecules. Fixed φ analysis gives a direct comparison of hydration properties of different proteins. With this technique we analyzed the state change of F-actin hydration upon binding with myosin, and found that hyper-mobile water (HMW) is induced around F-actin and increased upon binding with myosin S1. Thus, we may obtain further information of collective properties of water surrounding proteins and biomolecules.

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さまざまな時空間領域におけるタンパク質と水のダイナミクス

八木原晋, 新屋敷直木, 喜多理王

2007 年 47 巻 5 号 p. 302-308
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.302

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電子付録

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Various dynamics observed for proteins and water structures are explained from experimental results obtained from broadband dielectric spectroscopy (BDS) and complementary techniques. Dielectric measuring techniques make it possible to observe molecular dynamics in whole span of the time/frequency range: 200 ks-0.2 ps/1 μHz-1 THz, and are still developed to offer more precise and stable measuring systems. A recent approach with universal treatments of aqueous complex systems is also explained. Topics shown here are based on a recent concept of dynamic behaviors of complex systems.

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総説

多剤排出トランスポーターの結晶構造解析により明らかになった機能的回転メカニズム

村上聡

2007 年 47 巻 5 号 p. 309-316
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.309

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AcrB is a major multidrug efflux transporter in Escherichia coli cooperating with an outer membrane channel TolC and a membrane fusion protein AcrA. Here, I describe crystal structures of AcrB with and without substrates. The AcrB-drug complex consists of three protomers, each of which has different conformation corresponding to one of the three functional states of the transport cycle. Bound substrate was found in the periplasmic domain of one of the three protomers. The voluminous binding pocket is aromatic and allows multi-site binding. The structures show that drugs are presumably exported by a three-step functionally rotating mechanism in which drugs undergo ordered binding change.

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MFS輸送体の構造とその輸送機構

平井照久

2007 年 47 巻 5 号 p. 317-322
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.317

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Major facilitator superfamily (MFS) is the largest family of secondary transporters. MFS includes uniporter, antiporter and symporter. The structure of oxalate transporter reported by electron crystallography showed a “closed” conformation and it revealed remarkably symmetric architecture with twelve helices surrounding a central cavity. Some of the structures reported by X-ray crystallography showed “open” conformation. Comparing these structures, a transport mechanism based on the simple domain movement has been proposed.

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理論/実験技術

酵素触媒機構データベース：EzCatDB―加水分解反応，転移反応機構の系統的な比較について

長野希美

2007 年 47 巻 5 号 p. 323-327
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.323

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トピックス

分裂酵母テロメア1本鎖DNA結合タンパク質Pot1による4本鎖DNA構造のアンフォールディングとその生物学的意義

鳥越秀峰

2007 年 47 巻 5 号 p. 328-333
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.328

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支部だより

支部だより

四国支部からのたより

2007 年 47 巻 5 号 p. 334-335
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.334

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若手の声

若手の声

若手の会・関東支部より

2007 年 47 巻 5 号 p. 336-337
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.336

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世界の生物物理学

世界の生物物理学(5)

The Australian Society for Biophysics: A Brief History

2007 年 47 巻 5 号 p. 338-340
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.338

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タンパク質立体構造散歩

DNAリガーゼ（高度好熱菌由来）

2007 年 47 巻 5 号 p. 332
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.332

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RNA分解酵素（好熱菌由来）

2007 年 47 巻 5 号 p. 335
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.335

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用語解説

用語解説1

2007 年 47 巻 5 号 p. 308
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.308

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用語解説2

2007 年 47 巻 5 号 p. 327
発行日: 2007年
公開日: 2007/09/28

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.47.327

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