情報知識学会誌
Online ISSN : 1881-7661
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10 巻, 4 号
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巻頭言
論文
  • Genome Information Broker for Data Retrieval and Comparative Analysis of Microbial Genomes
    Kousuke Goto, Satoru Miyazaki, Hideaki Sugawara
    2001 年 10 巻 4 号 p. 4-13
    発行日: 2001/01/31
    公開日: 2016/12/02
    DOIhttps://doi.org/10.2964/jsik_KJ00001039351
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    　Whole genome sequences of more than 30 microbial species have been determined and open to the pubic since 1995. In addition, more than 100 microbial genome sequences are supposed to be disclosed or completed in a couple of years. The data are available either from the sites of groups that determined the genome sequence or from DDBJ/EMBL/GenBank International Nucleotide Sequence Databank (INSD). However, it is a daunting task for us to apply comparative genomics to the increasing number of microbial genomes. It is due to inconsistency of data format, data representation and even protocols of data annotation in the diverse data sources. Therefore, we developed Genome Information Broker (GIB) that allows us to retrieve and to display the part and/or whole genome sequences and the relevant biological annotation of all the microbial genomes together. Thus GIB will be a powerful tool for the study of comparative genomics. The URL address of GIB is http://gib.genes.nig.ac.jp.
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  • ゲノム情報処理技術に基づいた生物種固有のコドン使用多様性
    金谷 重彦, 木ノ内 誠, 大平 賢, 工藤 喜弘
    2001 年 10 巻 4 号 p. 14-31
    発行日: 2001/01/31
    公開日: 2016/12/02
    DOIhttps://doi.org/10.2964/jsik_KJ00001039352
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    　遺伝子発現の一過程である翻訳における最適コドンを決定することは、遺伝子の発現量を推定するための重要な因子の一つである。本研究では、ゲノム全体の遺伝子を対象にバイオインフォマテイクス的立場から多変量解析法に基づいて原核生物(バクテリア)と真核生物における種固有のコドン使用多様性について検討した。原核生物はもとより単細胞真核生物(Saccharomyces cerevisiae, Scizosaccharomyces pombe)および多細胞真核生物(Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans)についてもコドン使用多様性に生物が有するtRNA種が大きく影響を及ぼしていることを示した。さらに、広範囲の生物種の種固有のコドン使用多様性に影響を及ぼす他の因子を検討した。
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寄稿論文
  • ポストゲノムにおけるプロテオーム研究
    次田 晧
    2001 年 10 巻 4 号 p. 32-42
    発行日: 2001/01/31
    公開日: 2016/12/02
    DOIhttps://doi.org/10.2964/jsik_KJ00001039353
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    　ヒトゲノムの全配列に続いて30種類以上の他のゲノム配列の完成が報告されている。このようにゲノムの解明された現在、転写レベルのTranscriptomeと翻訳レベルのProteomeの2つのprojectが注目を浴びて来た。
    　Proteome projectは生物の組織、細胞等の特定の部位で特定の時間の断面で発現される全蛋白質を分離してその各々の蛋白質を同定する事を目的としている。現在この目的の為に蛋白質の等電点と分子量で分離する二次元電気泳動法が主として用いられ、分離した蛋白質の同定にはN末端からのアミノ酸の配列解析、又蛋白質spotをゲルと共に切り取りトリプシン等の蛋白分解酵素で分解し、抽出して出て来たペプチド断片を質量分析装置で分析するペプチドマスフィンガープリント法等が使われている。これらの方法は分析感度が非常に高く前者で1pモル後者で10〜100fモルで行われ、現在それらを自動化し且つ迅速に行う事に巾広い努カが集中している。
    　一方これらのデータを標準化しデータベース化する努カが行われている。二次元電気泳動のイメージマップ、その実験を行った条件をGenera1データとして入力、個々のspotの蛋白質のデータとその関係する20項目のデータをPIRのフォーマットに従ってspotデータとして入力してある。これらのデータベースについて概略を述べる。
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