作物学では従来から，15Nや13Cの比率を人為的に高めた物質をトレーサーとして利用する研究がよく行われてきた．さらに近年では，安定同位体自然存在比のわずかな変動を天然のトレーサーとして利用する研究も盛んとなっている．本稿では，著者らがこれまでに扱った経験のある2H （D）・13C・15Nを対象に，それらを利用する際の基礎知識や注意事項を解説する．さらに，これらの同位体を利用した研究で，作物が利用する水源の推定，C3植物の炭素固定過程の推定，菌根共生系を介した作物の窒素獲得能の推定における著者らの実践例を紹介する．
