原核ゲノムにおけるタンデムリピート検索のためのカラーコーディング法の評価

抄録

人間の視覚による検知に基礎をおくカラーコーディング(CC)法を用い、3人の検索者によって Yersinia pestis, Deinococcus radiodurans, そして Haemophilus influenzae ゲノムから多くのタンデムリピートを検出し、検出されたタンデムリピートを比較することによってタンデムリピートを検索する上での検索者の個人差を調査した。我々はまた、CC法とタンデムリピートのアルゴリズミックな検索手法の一つである Tandem Repeats Finder (TRF) とを検索能力の上で比較し、CC法はTRFに比べてより長くかつより一致度の低いタンデムリピートを検出することができるということを示した。