本研究では家畜ウシにおけるIndelマーカーの開発を試み，家畜ウシ集団に対する遺伝的構造や類縁関係，遺伝的多様性の調査を目的とした．各常染色体から29 Indelを選出し遺伝子型判定を実施した結果，26 IndelにおいてPCR増幅と多型が認められた．そのうち8 Indelマーカーを選択し，家畜ウシ11集団を用いた解析を実施した．多様性指標の結果では，Bos taurusよりもBos indicusの方が低い値を示した．系統樹や主成分分析の結果では，2亜種で系統が明確に分離した．STRUCTURE解析では，K＝4のとき最尤推定値を示し，K≧5ではカザフスタンとモンゴル在来牛が，複数の祖先系統に由来する遺伝構造を形成していた．以上より，開発したIndelマーカーを用いた本研究結果では，地域や気候，亜種や品種に基づいた結果が得られ，ウシにおけるIndelマーカーの有効性が示された．
