最大完全部分グラフ抽出アルゴリズムの比較：タンパク質機能発現部位発見法のための検討

抄録

我々はタンパク質の機能発現部位を発見する方法として、三次元的に等価な配置にあるアミノ酸残基を抽出することを提案している。その際、最大完全部分グラフ（最大クリーク）の抽出が必要であるが、最適化問題であるため高速化アルゴリズムを使わなくてはならない。我々はこれまでCarrghanらのアルゴリズムを用いてきたが、最近Ostergardがより高速なアルゴリズムを提案した。ここでは両者のアルゴリズムを様々なタイプのグラフに適用し、その特徴を明らかにしたので報告する。