生体高分子のモンテカルロシミュレーションにおける分子変形方法の工夫

抄録

タンパク質の折り畳み機構をシミュレーションするモンテカルロ法をより効率的にするため、分子変形方法を新たに工夫し（平行移動法）、従来の方法（二面角法）との差異を比較検討した。
それぞれの分子変形方法を用いて、αヘリックス構造をもつCペプチド及びββα構造をもつ28残基のポリペプチドについてシミュレーションした結果、力場パラメータは同じでも、分子変形方法が異なれば、形成される分子の構造も変化することが明らかになった。Cペプチドのモンテカルロシミュレーションでは二面角法を用いた方が効率よく構造を形成できた。反対に28残基ポリペプチドのモンテカルロシミュレーションでは、今回新たに提案する平行移動法を用いた方が、従来の二面角法より効率よく天然構造に近い構造を発生することが可能であった。