反復性経頭蓋磁気刺激（rTMS）は脳卒中発症早期においても有効である．症状の改善のみならず，神経死の進行に抑制的に働く可能性についても報告されている．発症早期には非病巣側大脳の過活動が不十分なため，上肢麻痺に対しては病巣側大脳への高頻度rTMSのほうが有効な可能性があるが，下肢麻痺に対しては慢性期と同様の手法でよい．また，前頭葉への高頻度rTMSはアパシーに対し有効と考えられ，アパシーが原因ですべてのリハビリテーション治療が進まないような症例にはこのrTMSを優先することも検討される．Early seizure，特に非痙攣性てんかんには十分注意が必要であるが，リスクを管理したうえであれば発症早期からのrTMS利用は非常に有用と考える．
