プロパホスの急性毒性は劇物相当である. 2%粉剤の眼に対する一次刺激性は軽度の刺激性を有するが, 皮膚に対する一次刺激性は陰性であった. また, 5%粒剤の皮膚に対する一次刺激性は陰性であった. 皮膚感作性は2%粉剤および原体とも陰性であった. ニワトリにおける急性遅発性神経毒性は陰性であった. 亜急性毒性試験ならびに慢性毒性・発癌性試験では, コリンエステラーゼ活性阻害のほかは, とくに影響を認めなかった. また, 発癌性も認めなかった. 繁殖に及ぼす影響, 催奇形性および変異原性もとくに問題はない. これら安全性評価で設定された登録保留基準は米について0.05ppmである.
プロパホスは劇物としての注意事項および農薬登録されている各製剤に貼付したラベルに記載した使用上の注意事項を遵守すれば, 使用場面においても, 残留毒性面においても安全な農薬である.