プロリン異性化酵素の反応経路シミュレーション

抄録

アミノ酸の中でもプロリンをターゲットにするプロリン異性化酵素は、そのペプチド結合を異性化することでターゲットタンパク質の構造安定性に甚大な影響を与える。ただし、酵素反応とは言っても分子シミュレーションで計算するには遅い時間スケールで進行するので、その反応の分子的な詳細はよく分かっていない。ここではプロリン異性化タンパク質PIN1にリン酸化された基質を相互作用させたときのプロリンの異性化をストリング法のような構造変化を計算するのに適した手法を用いて計算し、そのメカニズムについて調べる。