オーストラリアにおける海面養殖の歴史は比較的浅いため, これまでに問題となったウイルス病はあまり多くない。 現時点における最大の脅威はバラマンディ仔魚におけるノダウイルスによる神経・網膜症である。 またヘルペスウイルスによると考えられる野生のピルチャード(イワシ類)の大量死は最近の大きな出来事である。 貝類には重要はウイルス病はないが, 養殖エビではパルボ様ウイルスおよびラブド様ウイルスなど4種のウイルスが観察されている。 mid-crop mortality syndrome (MCMS) が問題となっている。