個々の疾患に特有な関連遺伝子を特定するアルゴリズム

抄録

MEDLINE アブストラクトのような生物医学文献から疾患に関連する遺伝子を探索する手法が多数提案されている．疾患と遺伝子の関連の度合いは，その疾患名と遺伝子名が共出現する文献の数で測定することができる．しかし，この方法では，他の複数の疾患と関連のある遺伝子が上位に順位付けされる可能性があるので，特定の疾患に対して特有的に関連のある遺伝子を識別することはできない．本稿では，文献集合から特定の疾患に関連する遺伝子群を抽出し，それらを特有性の観点から順位付けするアルゴリズムを提案する．これにより副作用の可能性が小さい関連遺伝子を識別することが可能になり，効率的な創薬に貢献できる．提案手法は遺伝子間の用語共起頻度に基づいて疾患との推移的な関連性についても考慮する．更に，公開されているデータセットを用いて提案手法の精度評価を行う．