ゲル作成時の温度がDGGEのバンドラインの歪みに及ぼす影響

抄録

DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis)のゲル内のバンドラインの歪みがゲル泳動時の電流や泳動バッファーの温度の不均一性の影響を受けることは知られているが,ゲル作成時の温度の影響については不明である。そこで,ガラスプレート注入時の変性ゲル溶液の温度(以下,変性ゲル溶液温度)と注入時のガラスプレートの温度(以下,プレート温度)に分けて,それらの温度の影響を解析した。変性ゲル溶液温度5-28℃,プレート温度10-28℃の範囲でそれぞれの温度の組み合わせによる影響を調べた。その結果両温度の差が大きいほどバンドラインの歪みが大きいことが明らかになった。本試験の結果と試験チューブを用いた重合と温度の関係を解析した結果から,バンドラインの歪みは変性ゲル溶液温度とプレート温度の差によって生じる,プレート内に流れ込んだゲルの水平方向の温度の不均一性に起因することが示唆された。以上から,本研究で新たに,バンドラインの歪みの低下に変性ゲル溶液温度とプレート温度の組み合わせが重要な要因であることが明らかになった。