免疫不全者のワクチンで共通する問題点は，生ワクチンの接種が難しい点である．免疫抑制薬は，開始してしまえばほぼ生ワクチンは接種できないため，開始前に麻疹・風疹・ムンプス・水痘ワクチンを通算2回ずつになるよう追加接種しておくことが必要である．また，造血細胞移植後には，基礎免疫から獲得させる必要があり，予防接種計画の綿密な立案が必要となる．また，脾臓摘出術後等の脾機能低下患者では，液性免疫不全の状態が遷延するため，肺炎球菌やインフルエンザ菌といった細菌による侵襲性感染症のリスクが高く，予防接種を行うことを忘れてはならない．
