日本では食道胃接合部癌は頻度が比較的少なく，治療の標準化が進んでいない．扁平上皮癌は局所進行癌，進行再発癌ともに食道扁平上皮癌に準じた治療が選択されている．局所進行腺癌は胃癌に準じて，リンパ節郭清をともなう切除術および術後S-1療法が選択されているが，開胸手術を必要とする場合は術後補助療法では治療強度が保てない可能性がある．一方，欧米では術前術後化学療法や，術前化学放射線療法が用いられているが，局所再発割合は日本よりも多いとされる．さらなる改善を求めるには，遠隔転移の制御を念頭に，治療戦略を構築する必要がある．進行再発食道胃接合部腺癌は，胃癌に準じた全身化学療法が施行されている．
