炎症性腸疾患の診断や治療方針の決定において内視鏡はgold standardであるが，より非侵襲的なモニタリングの手法としてバイオマーカーが注目されている．便中カルプロテクチンは，炎症性腸疾患の診断，内視鏡的重症度との相関，治療効果判定，再燃予測など，さまざまな場面においてその有用性が報告されている．大腸癌スクリーニングに汎用されている便潜血反応検査も，特に潰瘍性大腸炎の内視鏡的活動性をもよく反映することが示されているほか，近年では血清leucine-rich glycoprotein（LRG），尿中プロスタグランジンE主要代謝産物（PGE-MUM）などの有用性も報告されている．
