霞ヶ浦には，在来種のヤリタナゴ，ゼニタナゴ，タナゴおよびアカヒレタビラの4種が同所的に生息する。近年，これら個体群の減少が著しく，地域絶滅が危惧されるものの，種ごとの個体数変動の要因はよく分かっていない。そこで，本湖におけるタナゴ亜科魚類群集の変遷とその要因を明らかにするため，1999年から2011年まで，タナゴ亜科魚類およびその産卵基質として利用されるイシガイ科二枚貝類の生息状況調査を実施した。調査の結果，在来タナゴ類の内，ゼニタナゴとヤリタナゴは採集されず，アカヒレタビラとタナゴは湖内全域で徐々に減少し，2010年頃にはほとんど採集されなくなった。外来種のオオタナゴは2000年頃に初確認され，その後徐々に増加し，2005年以降は毎年採集された。外来種のタイリクバラタナゴは減少傾向にあり，国内外来種のカネヒラも全調査期間を通して数個体しか採集されなかった。一般化混合加法モデルを用いて種ごとにタナゴ類個体数の時系列変化を解析した結果，在来タナゴ類が激減した要因として，オオタナゴの影響は検出できなかった。在来タナゴ類が利用するイシガイ科二枚貝類は，2006年の調査時点において，湖内全域で個体数が著しく減少していたことから，産卵基質の減少が影響している可能性が示唆された。一方，オオタナゴは，他のタナゴ類が激減した2010年以降も比較的多数採集された。これは，本種が産卵母貝として外来種のヒレイケチョウガイ交雑種を主に利用し，その産卵基質が淡水真珠養殖用に毎年供給されているためと考えられた。
