家畜ふん尿は日本で最大量の廃棄物バイオマスであり, 堆肥化が主要な処理・利用法となっている。メタン発酵は家畜ふん尿から燃料 (バイオガス) と液肥 (消化液) の両方を生産する方法であり, 社会情勢の変化に応じて何回かの興亡を繰り返し, 研究蓄積も多いことから, 古くて新しい技術と呼ばれてきた。最近, 廃棄物バイオマスの資源循環が重要視され, 家畜ふん尿を含む有機性廃棄物からのバイオガス生産利用が見直され, 新たな実証的研究も多く行われている。消化液の液肥利用が重要だが, ヨーロッパの成功例と比較して, 北海道を除く日本の農家では, 消化液を液肥利用するのに十分な土地面積を持たないことが多い。そのため, 消化液を河川に放流する場合には, 汚水処理をしなければならない。