動物遺伝育種研究
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44 巻, 2 号
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原著論文
  • 小林 栄治, 武田 久美子
    原稿種別: 原著論文
    2016 年 44 巻 2 号 p. 45-52
    発行日: 2016年
    公開日: 2016/09/01
    ジャーナル フリー
    DNA methylation is important for regulating gene expression during many biological processes. There are two popular techniques for detecting genome-wide DNA methylation profiles: next-generation sequencing and DNA arrays. We conducted a pilot study for data filtering using Human Methylation arrays to evaluate the genome-wide methylation profiles using bovine DNA samples. Five tissues of two female Japanese Black cattle were analyzed in this study. We focused on the detection P-value as an indicator of the reliability of data. Here, detection P-values were used for examining array performance, which indicate the proportion of 600 negative control probes with higher signal intensity than measured for each probe. We first investigated the distribution of detection P-values using bovine DNA, and next evaluated bovine sequences with high similarity to human sequences on the probes by a BLAST search. A total of 75,207 CpG sites had a detection P-value of 0 in all examined samples (15.5%). The detection P-values for bovine DNA were markedly worse than for humans and monkeys, but better than for mice. The CpG sites with low signal intensity apparently had low quality. The total signal intensity level at each CpG site was also shown to be very important to improve array performance, similarly to the detection P-value. Among the CpG sites that fulfilled the thresholds of both detection P-value and mean total signal intensity, it was determined that approximately 70% had been evaluated properly. Therefore, it was expected that useful methylation data with good quality were obtained for approximately 50,000 CpG sites (about 10% of all probes). These results show that the Human Methylation arrays have potential for evaluating a few tens of thousands of CpG sites in cattle by appropriate filtering to ensure the quality of the data.
  • 平野 貴, 原 ひろみ, 半澤 惠
    原稿種別: 原著論文
    2016 年 44 巻 2 号 p. 53-57
    発行日: 2016年
    公開日: 2016/09/01
    ジャーナル フリー
    RBP4は肝臓でレチノールに変換されたビタミン A(VA)を標的臓器(細胞)に輸送するタンパクである。 VAは様々な生理作用を持つことが知られ、黒毛和種の肥育は脂肪交雑形成を高めるために、肥育中期に VA給与を制限して行われている。これらのことから、 RBP4遺伝子の多型は脂肪交雑を始めとする枝肉形質に影響する可能性がある。そこで、これまでに黒毛和種で検出した RBP4 c.237C›G(同義置換)、c.355+26C›Tおよび c.∗50A›G(3′UTR)の 3 SNPsを肥育去勢牛集団について型判定し、脂肪交雑を始めとする枝肉形質との関連を解析した。さらに、 RBP4のこれらの塩基置換は子牛死亡の原因となる可能性もあるため、死亡した子牛の集団についても型判定を行い、両集団の遺伝子型頻度から、これら SNPsと子牛死亡の関連についても解析した。その結果、3 SNPsによる遺伝子型の特定の組み合わせの間で枝肉重量に有意差( P &lsaquo0.05)が検出され、 RBP4遺伝子が枝肉重量と関連する可能性が示されたが、これら SNPsは責任 SNPではないことが示唆された。また、子牛死亡集団と肥育牛集団における各 SNPの遺伝子型頻度に差がなく、これら SNPsは子牛死亡と関連しないことが示唆された。
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