背景と目的：感染予防・管理（IPC）介入を病院内で効果的に実施するには，薬剤耐性（AMR）菌伝播の可能性を判断するためのタイムリーな情報が必要である。我々は，コアゲノムSNP（cgSNP）に基づく逐次的系統解析ワークフローである「Tracking Antimicrobial Resistant Organisms Timely（TAROT）」を提案・開発し，メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）に対してオックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ（ONT）のシークエンサーを用いた結果をイルミナのシークエンサーを用いた場合と比較した。

方法：我々は，ONTデータを用いた逐次的系統解析のためのTAROTワークフローを開発した。東邦大学医療センター大森病院で分離されたMRSA 34株を，MinION（ONT社製）とMiSeq（イルミナ社製）を用いてシークエンシングした。各株のONTデータをTAROT（TAROT-ONT）に入力し，cgSNPに基づく逐次的系統解析を行った。イルミナのデータは，バッチでcgSNPに基づく系統解析を行った。アセンブリーベースの解析により，AMR遺伝子，AMR変異，および病原性遺伝子を同定した。

結果：MinIONでは，3時間以内の稼働によりST8リファレンスゲノムに対して平均262×のシークエンス深度が得られた。TAROT-ONTでは，ST8の14株について11本，ST1の10株について7本，ST5の5株について2本の系統樹が逐次的に得られた。伝播が強く疑われるペア（ペアワイズcgSNP < 5）は，ST8の#6から#11の系統樹，ST1の#3, #5, #7の系統樹，ST5の#2の系統樹で検出された。TAROT-ONTとイルミナとの間のペアワイズcgSNP数の差は，イルミナを用いたcgSNP数が20未満のペアではゼロから2までの範囲であった。各株のTAROT-ONTバイオインフォマティクス解析に要した時間は5～42分であった。AMR遺伝子，AMR変異，および病原性遺伝子の同定結果は，ONTとイルミナでほとんどが一致した。

結論：TAROT-ONTは，cgSNPに基づく逐次的系統解析によってタイムリーなフィードバックを提供することにより，MRSA院内感染に対する効果的なIPC介入を促進する可能性がある。