生物物理

巻頭言

青年期のような生物物理学会に思う

岡田泰伸

2006 年 46 巻 6 号 p. 301
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.301

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解説

電子常磁性共鳴による生体分子のサイト間距離の測定

EATON Sandra S., EATON Gareth R.

2006 年 46 巻 6 号 p. 304-311
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.304

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Interpretation of the function of biomolecules at the molecular level requires knowledge of the three-dimensional structure. Electron paramagnetic resonance methods can be used to determine the distance between paramagnetic sites that are intrinsic to a biomolecule or are added by attachment of stable nitroxyl radicals or paramagnetic metals. Techniques have been developed to measure distances ranging from about 5 to 70 Å (0.5 to 7.0 nm). This article provides an overview of techniques and examples of systems to which they have been applied.

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総説

多重配列アラインメント―最近のソフトウェアについて

加藤和貴, 三沢計治

2006 年 46 巻 6 号 p. 312-317
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.312

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Multiple sequence alignment is an important tool for computational analysis of nucleotide or amino acid sequences. It is also a challenging combinatorial optimization problem in computer science. As a large amount of sequence data is becoming available from genome and other large-scale sequencing projects, efficiency, as well as accuracy, is currently required for a multiple sequence alignment program. Several new programs are being developed aiming at improving both efficiency and accuracy. We overview the algorithms and performances of new programs including that by ourselves.

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軟体動物アメフラシから発見された多種同族体ペプチドの構造と生理作用

古川康雄, 佐々木康成, 森下文浩, 松島治

2006 年 46 巻 6 号 p. 318-323
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.318

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Neuropeptides are perhaps the most diverse intercellular signaling molecules in the animal kingdom. Owing to the high-throughput methodologies using the high-performance liquid chromatography as well as the mass spectrometry, the number of peptides identified from both vertebrates and invertebrates are increasing. In many cases, the multiple structurally related peptides which are unequivocally considered to be members of the same peptide family are found in the nervous system. We call such peptides the multiple family peptides. Here, we show the structure, distribution, and action of two kinds of multiple family peptides recently identified in a marine mollusc, Aplysia.

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植物光センサーの多様性と光受容分子メカニズム

松岡大介, 吉原静恵, 徳富哲

2006 年 46 巻 6 号 p. 324-329
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.324

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Plants photoreceptors are divided into two groups, well-known phytochromes and blue-light receptors, such as cryptochromes and phototropins. Regarding one of the later, we proved the role of the LOV domains in the kinase photoactivation. In addition to the plant phytochromes, many bacteriophytochromes have been found in both photosynthetic and nonphotosynthetic prokaryotic microorganisms. One of them has been found to undergo not red/far-red but blue/green photoreversible transformaion. Furthermore, new members of blue-light receptors, FKF1 families and BULF photoreceptors, have been found. Their structures and functions are reviewed.

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光駆動イオンポンプから光情報伝達への機能変換の試み

須藤雄気

2006 年 46 巻 6 号 p. 330-335
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.330

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Light is one of the most important signals providing critical information to biological systems. Four rhodopsins, bacteriorhodopsin (BR), halorhodopsin (hR), sensory rhodopsin (sR) and phoborhodopsin (pR) exist in archaeal membranes. bR and hR work as a light-driven ion pump. sR and pR work as a photo-sensor of phototaxis, and form signaling complexes in membranes with their respective cognate transducer proteins HtrI (with sR) and HtrII (with pR), through which light signals are transmitted to cytoplasm. In this review, we describe our results on the protein-protein interaction of archaeal rhodopsins/HtrII and the signal transfer reaction by the complexes.

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トピックス

V型Na⁺-ATPaseの膜内在性ローターリングの構造：結晶構造から見えてきた回転モーターのイオン透過機構

村田武士, 山登一郎, 柿沼喜己

2006 年 46 巻 6 号 p. 336-340
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.336

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電子付録

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バクテリアべん毛モーターのステップ運動

曽和義幸, 薬師寿治, 本間道夫, 石島秋彦

2006 年 46 巻 6 号 p. 341-344
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.341

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DNAにクランプをはめ込むしくみ―単粒子解析で見えた生き生きとした姿

鈴木博文, 宮田知子, 真柳浩太, 石野良純, 大山拓次, 森川耿右

2006 年 46 巻 6 号 p. 345-348
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.345

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理論/実験技術

フォトニック結晶ファイバーを用いたコヒーレントラマン散乱による分子バイオイメージング

加納英明, 濵口宏夫

2006 年 46 巻 6 号 p. 349-352
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.349

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電子付録

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用語コラム

用語コラム1

2006 年 46 巻 6 号 p. 323
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.323

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用語コラム2

2006 年 46 巻 6 号 p. 340
発行日: 2006年
公開日: 2006/12/07

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.340

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