巻号一覧
48 巻, 4 号
通巻278号
選択された号の論文の17件中1～17を表示しています
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巻頭言
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河野 敬一2008 年 48 巻 4 号 p. 213
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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総説
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舘野 賢, ボエロ マウロ2008 年 48 巻 4 号 p. 216-220
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
ジャーナル フリーReaction mechanisms of ribozymes (“RNA enzymes”) revealed by the first-principles molecular dynamics simulations are discussed. The calculations are performed on an RNA fragment as a model structure of the catalytic site of ribozymes, in the absence/presence of explicit solvent water molecules, leading us to understanding the detailed mechanisms and the catalytic roles of divalent cations and solvent in in vitro reaction. Two cations, which are bound to the O2’/O5’ atoms of the catalytic nucleotide, and a hydroxide ion involved in a solvation shell of the cation bonding to the O2’ atom are indicated to concertedly decrease the activation barrier. The entire structure of a ribozyme molecule is now being investigated by using QM/MM hybrid molecular dynamics simulation. The computational methodology mentioned here is applicable also to other biological macromolecular systems.
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今村（滝川） 寿子, 望月 敦史2008 年 48 巻 4 号 p. 221-227
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
ジャーナル フリーA cyanobacterial clock protein KaiC shows circadian cycling of the phosphorylation level in vitro. We first developed an observation-based model. The KaiC-KaiA complex formation consequently reduces free KaiA molecules, thereby may exert a negative feedback effect toward KaiC phosphorylation. However, this model was shown not to be adequate to generate the KaiC phosphorylation cycle. Then, we analyzed generalized models and determined necessary conditions to generate the cycle. Based on the result, we realized the observed pattern of the KaiC phosphorylation cycle and predicted an unknown state that lies between KaiC phosphorylation and the formation of the KaiC/KaiA complex.
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須田 斎2008 年 48 巻 4 号 p. 230-234
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
ジャーナル フリーTo understand aging and lifespan at the gene level, the era is just coming. Which is lifespan due to the programming or circumstance’s factors? The outline of lifespan, in this review, will be given from the deterministic and stochastic views. In the near future, the biophysical approach such as structural biology and mathematical framework is needed to develop the study of aging and lifespan.
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トピックス
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安井 典久, 禾 晃和, 高木 淳一2008 年 48 巻 4 号 p. 235-238
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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福田 将虎, 森井 孝2008 年 48 巻 4 号 p. 239-242
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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深海 薫, 西川 建2008 年 48 巻 4 号 p. 243-245
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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老木 成稔, 安藤 博之, 久野 みゆき, 清水 啓史, 岩本 真幸2008 年 48 巻 4 号 p. 246-252
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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理論/実験 技術
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秋津 貴城2008 年 48 巻 4 号 p. 253-256
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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支部だより
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北海道支部からのたより2008 年 48 巻 4 号 p. 258-259
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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若手の声
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北海道支部“若手ネットワーク”より2008 年 48 巻 4 号 p. 260-261
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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海外だより
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ベルリン・フンボルト大学シャリテKlaus Peter Hofmann研究室2008 年 48 巻 4 号 p. 262-263
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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タンパク質立体構造散歩
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2008 年 48 巻 4 号 p. 229
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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2008 年 48 巻 4 号 p. 238
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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用語解説
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2008 年 48 巻 4 号 p. 234
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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2008 年 48 巻 4 号 p. 242
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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2008 年 48 巻 4 号 p. 245
発行日: 2008年
公開日: 2008/07/25
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