Chem-Bio Informatics Journal
Online ISSN : 1347-0442
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1 巻 , 1 号
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  • 神沼 二真, 中田 琴子, 中野 達也, 高井─五十嵐 貴子
    1 巻 (2001) 1 号 p. 1-17
    公開日: 2001/03/31
    ジャーナル フリー
    急展の著しいゲノム科学とゲノム技術の次なる最重要課題のひとつは、(日本ではテーラーメード医療とも言われる)パーソナライズド・メディシンである。パーソナライズド・メディシンとは、正しく選択された薬を正しく選択された患者に適切な量を投与する実践行為である。SNPsを見つけるプロジェクトは多数あり、それらがパーソナライズド・メディシンの基礎であるように言われている。しかし、 SNPsデータだけでは十分ではない。パーソナライズド・メディシンを実現するためには、よくトレーニングされたメディカル・スタッフの存在が前提であり、彼らが必要とする知識やデータに臨床の現場から容易にアクセスできる環境が整備されていなければならない。われわれはこのような知識基盤が如何なるものであり、それを活用するためにどのような計算ツールが必要かを考察した。それらは医薬品の一般名、構造式、3次元構造、薬物代謝酵素、標的分子、標的結合後の分子信号の流れなどに関するデータベースや知識ベース、ファーマコキネティクスのシミュレータ、分子計算パッケージなどである。われわれはその一部を開発しているが、全体の開発はCBI学会を母体としたコンソシアムなどでチャレンジすべき課題である。
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  • 藤井 功, 菅谷 信敬, 中野 達也, 長谷川 式子, 山本 都, 神沼 二真, 平山 令明
    1 巻 (2001) 1 号 p. 18-22
    公開日: 2001/03/31
    ジャーナル フリー
    現在国内で市販されている1,500種余りの医薬品の化学構造と諸性質を統合的に含むデータベースを構築した。このデータベースを用い、既存の医薬品の中に見られる環構造および官能基を分類整理し、データベースの中で部分構造検索ができるようにした。これらのデータは医薬品に馴染む化学構造(druglikeness)を示すものであり、医薬品を設計する上で有用である。
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  • 岩田 依子, 大岩 玲子, 玉木 和彦, 柴田 智之, 松原 亜紀, 丹沢 和比古, 宮本 秀一
    1 巻 (2001) 1 号 p. 23-34
    公開日: 2001/03/31
    ジャーナル フリー
    ホモロジーモデリング手法によりコラーゲナーゼの構造からゼラチナーゼの立体構造モデルを構築した。そのモデルを利用していくつかのタイプの異なる阻害剤とのドッキングスタディを実施し、それぞれの相互作用様式を考察した。アミド型阻害剤のゼラチナーゼAとのドッキングでは、コラーゲナーゼ複合体結晶構造中の他のアミド型阻害剤と同様の結合様式が得られた。マトリスタチン類縁体はユニークなピペラジン環を有するにもかかわらず、ゼラチナーゼBとの主要な水素結合ならびに疎水性相互作用はアミド型と同様であった。また、S1'サブサイトが細長く疎水性であることは、P1'のアルキル鎖が長くなるにしたがって阻害活性が上昇することと一致するものであった。スルホンアミド型阻害剤の結合様式は、アミド型やピペラジン型阻害剤と若干異なるものの、最近報告された他のスルホンアミド型阻害剤の複合体モデルにおける結合様式と同様であった。
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  • 中野 達也, 神沼 二眞, 上林 正巳, 中田 吉郎
    1 巻 (2001) 1 号 p. 35-40
    公開日: 2001/03/31
    ジャーナル フリー
    分子の3次元構造に基づいた原子電荷の計算方法を開発した。この方法は、Goddardらの電荷平衡法を基に、クーロンポテンシャルの計算に西本-叉賀の式を用い、連立一次方程式の反復計算を不要にし、計算時間の大幅な短縮を実現した。この方法で計算された原子電荷から分子の双極子モーメントを計算し、AM1法、ab initio 分子軌道法による計算値および実験値との比較を行い、よい一致を得た。この方法を分子力学および分子動力学計算に組み込むことにより、分子構造の変化による電荷分布の変化をシミュレーションに取り込むことが可能になり、タンパク質のような非結合相互作用が重要な系の解析に有用であると考えられる。
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  • 百瀬 祐子, 北河 恵美子, 岩橋 均
    1 巻 (2001) 1 号 p. 41-50
    公開日: 2001/03/31
    ジャーナル フリー
    酵母のほぼ全遺伝子5880個のORFを含むDNAマイクロアレイ(ORF 5880)を用いてカドミウムと水銀で誘導される遺伝子発現の比較を行った。どちらの金属もHSP104によるストレス誘導プロモーターアッセイで最高の値をとる濃度、カドミウム0.3mM、水銀0.7mMで30℃2時間処理後のmRNAを用いた。カドミウムは水銀と比べて多くの遺伝子を高い割合で誘導していた。水銀とカドミウムに共通に誘導される遺伝子は22個あった。カドミウムと水銀2つの金属による遺伝子誘導発現のパターンにはいくつかの相違があり、それを基に今後新たな化学物資毒物評価システムにマイクロアレイが用いられる可能性が示唆された。
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  • 多田 幸雄, 山脇 一郎, 上田 修一, 松本 宏, 松浦 直資, 安本 三治, 江田 昭英, 堀 幹夫
    1 巻 (2001) 1 号 p. 51-59
    公開日: 2001/03/31
    ジャーナル フリー
    トランスメチレーション反応は免疫システムにおいて重要な役割を担っている。また反応し易いメチル基を有するスルホニウム化合物は生体内においてメチル基の供給源となり得ると考えられる。我々は抗アレルギー薬の開発を開発を目的として、構造活性解析の観点からスルホニウム化合物の物理化学的性質を検討した。そして見出した免疫活性を有するいくつかのスルホニウム化合物の中から、2-hydroxyethyldimethylsulfonium p-toluenesulfonate をリード化合物に選定した。
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