Chem-Bio Informatics Journal
Online ISSN : 1347-0442
Print ISSN : 1347-6297
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1 巻 , 4 号
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  • 深野 駿一
    原稿種別:  
    専門分野: 分子計算
    1 巻 (2001) 4 号 p. 124-135
    公開日: 2001/12/20
    ジャーナル フリー
    環境汚染物質あるいは薬剤の安全性評価において,コンピュータシミュレーションは必要ではあるが,数学やプログラミングなど余分な知識が必要なため,一部の専門家に限られおり,それほど一般化していない。そこで多くの人が活用できるように,生理学的デ-タ及び投与条件を入力するのみで,薬物の体内分布を予測し,グラフ化する薬物動態予測プログラム(PPP)を開発してきた。PPPは,Microsoft Windows上で働き,微分方程式やプログラミングの知識を必要とすることなく,各組織の濃度遷移曲線を容易に求めることができる。環境汚染物質または薬剤の中には,生体内で代謝により毒性が強化されたり,活性が発現する場合がある。今回は,複雑な経路で生成されるこれら代謝物(A→B→C・・・)の組織濃度推移を生理学的薬物動態モデル (PBPK Model)により解析するプログラムの開発を試みた。その結果,後半の代謝物になる従い,代謝物の組織濃度の最大になる時間が遅れる事が観察された。この結果は,代謝物が毒性のある場合は,毒性発現の時間的ずれに注意する必要があることを示している。この他,動物実験から人への外挿,動物実験計画,各個人の薬物投与計画など,各方面でPPPプログラムが活用されることを期待している。
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  • 岩舘 満雄, 海老沢 計慶, 梅山 秀明
    原稿種別:  
    専門分野: 分子計算
    1 巻 (2001) 4 号 p. 136-148
    公開日: 2001/12/20
    ジャーナル フリー
    完全自動タンパク質構造予測を行うプログラムの性能を完比較・検討するCAFASP2(Critical Assessment of Fully Automated Structure Prediction-2)において、FAMSをエントリし、20個のモデル座標を提出した。参照タンパク質の選定及び配列アライメントは、PSI-BLASTを用いた。モデリングはFAMSを用いた。FAMSはデータベース探索とシミュレーティッドアニーリングを組み合わせたアルゴリズムを持つ。配列アライメントからモデリングを通じて全ての過程は完全に自動的に行われた。北里大学チーム「FAMS」と英国「JIGSAW」の両者は8個の目的タンパク質について構造を提出した。モデルの主鎖及び側鎖の正確さはねじれ角によって推定された。特にFAMSのモデルはJIGSAWに比べて側鎖の正確度が高いことが有意に示された。主鎖においても同様の傾向があった。
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