Chem-Bio Informatics Journal
Online ISSN : 1347-0442
Print ISSN : 1347-6297
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6 巻 , 1 号
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  • ギミレ ガンガ D, 今井 賢一郎, 赤沢 史嗣, 辻 敏之, 園山 正史, 美宅 成樹
    6 巻 (2006) 1 号 p. 1-16
    公開日: 2006/05/19
    ジャーナル フリー
    Gタンパク質は物理的相互作用によってGタンパク質共役型受容体と結合する。そして、その結合は両者のタンパク質のアミノ酸配列によって発現している。Gタンパク質における結合領域はC端およびN端にあり、その物理化学的性質を解析し、Gタンパク質のαサブユニットの4ファミリー(αs、αi/o、αq/11、α12/13)およびそのサブファミリーを分類する方法を開発した。C端の100残基の解析によって、αサブユニットの4ファミリーを分類できること、さらにN端の60残基の解析を行うことでサブファミリーの分類できることが分かった。Gタンパク質という結合相手の物理的性質についての情報を得たことを基に、Gタンパク質共役型受容体の分類予測法の可能性を議論した。
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  • 飛田 基, 堀内 健, 荒木 健司, 根本 昌, 島田 裕康, 西川 哲夫
    6 巻 (2006) 1 号 p. 17-28
    公開日: 2006/05/19
    ジャーナル フリー
    タンパク質-低分子化合物相互作用データは、医薬品開発と深い関連がある。この種のデータはかなり大規模に取得されつつあるが、既存のツールは効果的にこれらのデータを可視化できない。そこで、タンパク質-低分子化合物相互作用データを効果的に可視化する方法論を開発することが本研究の目的である。開発した可視化の方法論には二つのコンセプトがある。第一は、三種類のデータの同時表示である。三種類とは、タンパク質データ、低分子化合物データ、タンパク質-低分子化合物相互作用データである。第二は、全体表示と局所表示の切り替えである。これら二つのコンセプトをデータマトリクスビューアとして実装しBirdsAntsと名づけた。開発したビューアを評価するためタンパク質-低分子化合物相互作用データベースのデータを用いてデータマトリクスを作った。このマトリクスをBirdsAntsで解析した結果、二つの既知の知識を再発見することが出来た。一つ目は、ビタミンB12の複数の機能がそれぞれ別のタンパク質との相互作用によるという知識である。二つ目は、シクロオキシゲナーゼ阻害剤が二段階のクラスタリングを行うことで、いくつかに分類できるという知識である。評価結果は、BirdsAntsがタンパク質-低分子化合物相互作用データを効果的に可視化できるポテンシャルがあることを示している。
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