Chem-Bio Informatics Journal
Online ISSN : 1347-0442
Print ISSN : 1347-6297
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8 巻 , 1 号
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  • 岸本 晃彦, 小野 雪夫, 村川 克二, 石橋 整, Ai Wakamatsu, 兼堀 恵一, Nobuo Nomura, Takao Is ...
    8 巻 (2008) 1 号 p. 1-13
    公開日: 2008/04/29
    ジャーナル フリー
    「完全長cDNA構造解析」プロジェクト内において、波形から推定される測定精度として99.9999975%(Phrapスコア76)を実現した。配列解析の困難な難読cDNAを分類し、解析手法を提示し、分子レベルでの原因を解析した。難読cDNAの要因は、長い繰り返し、2塩基高頻度配列、2次構造、1塩基反復配列に分類でき、反応系を変えてできるだけ読み進めた後、ランダム法を用いて解析した。難読の要因となる長い繰り返しは、タンパク質をコードする領域にも81%と多く存在していた。散在性反復配列はヒトゲノムでは48%と多いが、cDNAでは17%と少ない。その中でもA-rich領域をもち、コピーアンドペースト型の転移をするSINE/Aluの難読cDNAにおける頻度は高く、ヒトゲノムに匹敵する10%であった。
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  • 高野 憲和, 梅沢 公二, 池部 仁善, 園部 裕樹, 八木沢 良介, 伊東 純一, 浜崎 伸展, 三友 大輔, 宮川 博夫, 山岸 明彦, ...
    8 巻 (2008) 1 号 p. 14-24
    公開日: 2008/04/29
    ジャーナル フリー
    我々は、溶液(水とイオン)中で蛋白質とリガンドから成る系に対して分子動力学シミュレーションを行い、生体分子接近過程のメカニズムを研究した。2つの生体分子は、シミュレーションの初期構造では最短距離で 30 Å 離して配置したが、シミュレーションの間、2つの生体分子は接近し接触した。水分子は拡散運動をしているにもかかわらず、 二つの生体分子の間の領域では水分子の向きが秩序化される傾向が現れ、空間にコヒーレントなパターン(溶媒双極子場)が見られた。秩序化の度合いは、2つの生体分子の距離と協調的に振る舞った。この結果は、溶媒双極子場は2つの生体高分子を介して相互作用することを強く示唆する。コヒーレントな秩序化の有効距離(すなわち溶媒双極子場による有効相互作用レンジ)は 20 Å以上に及んだ。また、2つの生体分子を結ぶような橋状構造が見られた。この秩序化の生物学的または物理化学的な意味を考察した。
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