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内田 俊一
1990 年 1 巻 p.
I1c-I1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
ジャーナル
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和田 昭允
1990 年 1 巻 p.
I1b-I1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
ジャーナル
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高木 利久, 佐藤 賢二
1990 年 1 巻 p.
D-1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
ジャーナル
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新田 克己
1990 年 1 巻 p.
B-1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
ジャーナル
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バイオインフオーマティックスへの期待
榊 佳之
1990 年 1 巻 p.
I1a-I1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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Carlos Zamudio
1990 年 1 巻 p.
S1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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田中 秀俊
1990 年 1 巻 p.
G-1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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分子生物学で処理する情報は、遺伝子の核酸塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列、立体構造、酵素機能など多岐にわたり、しかもいずれもデータ量が膨大である。この情報を活用し研究の効率化を図るには、一元的に利用できる知識べースの導入が有効である。
演繹・オブジェクト指向データベース (DOOD) とは、従来の演繹データベース (DDB) とオブジェクト指向データベース (OODB) とを相補的に統合した概念で、DDBのように推論が行え、00DBのように階層的な知識の効率的表現や局所的知識と一般的知識との区別などが可能である。
ICOTでは
QUIX0Tε というDOOD言語を設計中である。この言語によりデータベースのデータの記述、データ構造の記述、質問の記述が全て可能である。この言語を用いて、分子生物の分野の知識を一元的に利用可能にする知識べースを試作することを考えている。
今回は、その言語による記述実験として遺伝子とアミノ酸の配列データベース、およびタンパク質の機能の記述を試みたので報告する.
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北上 始, 内藤 公敏, 森山 悦子, 五條堀 孝
1990 年 1 巻 p.
H-1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
ジャーナル
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池村 淑道, 荒井 美由紀, 石橋 芙美恵, 和田 健之介
1990 年 1 巻 p.
E-1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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五條堀 孝, 森山 悦子, 池尾 一穂, 伊奈 康夫, 今西 規, 林田 秀宜, 鵜川 義弘, 舘野 義男, 内藤 公敏, 河合 正人, 岸 ...
1990 年 1 巻 p.
C-1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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添田 栄一, 村上 康文
1990 年 1 巻 p.
F-1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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Ross Overbeek
1990 年 1 巻 p.
I1-I5
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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金谷 重彦, 工藤 喜弘
1990 年 1 巻 p.
A-1
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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正木 茂夫, 渡辺 良成
1990 年 1 巻 p.
B-2
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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藤山 秋佐夫
1990 年 1 巻 p.
G-2
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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宮野 悟, 有川 節夫
1990 年 1 巻 p.
H-2
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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類推とは, 与えられた2つの対象間に類似性 (これを類比とよぶ) を検出し, その類比に基づいて一方の対象で成立している事実や知識を, もう一方の対象に変換することによって, 問題解決の手がかりを得たり, 未知の事実などを予測・推定する知識獲得方式のことである. 本講演では類推を使った学習による知識獲得方式のゲノムデータ解析への応用の可能性について考える.
また, ゲノムデータのような大容量データの解析を研究者の耐えうる時間で行うためには従来の逐次処理方式では無理があり, 並列化が必要となる. 並列計算量の理論では, どのような問題が効率のよい並列アルゴリズムをもっかが研究されてきた. そして, 様々の並列化技法が開発されている. しかし一方で, 効率のよい並列化が困難な問題も発見されている. そこで, 並列化の可能性と理論的限界について概観する.
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内藤 公敏, 河合 正人, 岸野 敦子, 塩原 立也, 五條堀 孝, 森山 悦子, 池尾 一穂, 伊奈 康夫, 今西 規, 林田 秀宣, 鵜 ...
1990 年 1 巻 p.
C-2
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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ホートン ポール, 金久 實
1990 年 1 巻 p.
A-2
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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久原 哲, 古市 恵美子, 竹原 英毅, 榊 佳之
1990 年 1 巻 p.
D-2
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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西岡 孝明
1990 年 1 巻 p.
E-2
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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ゲノムの産物であるタンパク質のアミノ酸配列から、生体内においてそのタンパク質がはたしている機能を推定するために配列の類似性が利用される。すなわち、機能がすでに明らかにされているタンパク質とアミノ酸配列を比較して、配列の類似性が認められると機能の類似性が推定される。その際、アミノ酸配列の全領域にわたって既知タンパク質の配列と類似性を示す場合にはそのタンパク質と同じか類似ファミリーに属するものと推定できるが、機能を推定しようとする配列がいくつかの機能を異にする既知タンパク質の配列と局所的な類似性しか示さない場合には、その機能を特定することが難しい。それは、タンパク質の機能をより小さな機能へと分割することが一般に困難であるからである。本研究ではタンパク質の機能のうち、種々の化学物質の化学構造を識別する機能に着目すれば、より小さな機能へと分割することや配列と機能との関係を解析することが可能になることを示す。
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横山 一成, 田代 弘之, 今井 高志, 添田 栄一
1990 年 1 巻 p.
F-2
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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後藤 修
1990 年 1 巻 p.
A-3
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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飯塚 真由, 増山 祥二, 関谷 剛男, 林 健志
1990 年 1 巻 p.
F-3
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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片岡 良一
1990 年 1 巻 p.
E-3
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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萩原 稔, 仁科 伸一, 金久 實
1990 年 1 巻 p.
B-3
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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中井 謙太, 金久 實
1990 年 1 巻 p.
G-3
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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篠原 武, 有川 節夫
1990 年 1 巻 p.
H-3
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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文字列パターン照合問題とは, 与えられた文字列の別の文字列内での出現をことごとく検出する問題である. 文字列はもっとも単純かつ柔軟な構造の情報表現である. したがって, 効率的に文字列パターン照合を実行することは, 知識情報処理の基本的で重要な問題であるといえる. 本講演では, 文字列パターン照合アルゴリズムの現状を概観し, その知識情報処理への応用について考える. また, 文字列パターン照合を応用した情報システムとして, 発表者らが九州大学大型計算機センターで1981年より公開しているテキストデータベース管理システムSIGMAについて, その概要を紹介し, DNA塩基配列データ等への適用可能性について考察する.
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蓑島 伸生, 工藤 純, 針谷 晴美, 金久 實, 清水 信義
1990 年 1 巻 p.
D-3
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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塩原 立也, 五條堀 孝, 森山 悦子, 伊奈 康夫, 池尾 一穂, 今西 規, 舘野 義男, 内藤 公敏, 河合 正人, 岸野 敦子
1990 年 1 巻 p.
C-3
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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井宮 淳, 野坂 昌己
1990 年 1 巻 p.
H-4
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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石川 幹人, 戸谷 智之, 星田 昌紀, 新田 克己, 金久 實
1990 年 1 巻 p.
A-4
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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中村 雅彦, 国沢 隆, 次田 晧
1990 年 1 巻 p.
B-4
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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舘野 義男
1990 年 1 巻 p.
C-4
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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近藤 淑, 次田 晧
1990 年 1 巻 p.
D-4
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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神沼 二真, 三輪 錠司
1990 年 1 巻 p.
E-4
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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井上 英夫, 城戸 かおり, 大塚 栄子
1990 年 1 巻 p.
F-4
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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内山 郁夫, 荻原 淳, 金久 實
1990 年 1 巻 p.
G-4
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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秋山 泰, 古谷 立美
1990 年 1 巻 p.
A-5
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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山本 健二, 小林 一三, 荒川 英二, 吉倉 広
1990 年 1 巻 p.
E-5
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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小長谷 明彦, 山西 健司
1990 年 1 巻 p.
H-5
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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野口 義夫
1990 年 1 巻 p.
D-5
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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林田 秀宜
1990 年 1 巻 p.
C-5
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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アミノ酸配列から膜タンパク質の判別
美宅 成樹, 諏訪 牧子, 柳原 憲邦
1990 年 1 巻 p.
G-5
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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Malcolm Raff
1990 年 1 巻 p.
F-5
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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膜タンパク質の高次構造予測
諏訪 牧子, 美宅 成樹, 島崎 和子, 中馬 達二
1990 年 1 巻 p.
G-6
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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Jotun Hein, Takashi Gojobori
1990 年 1 巻 p.
C-6
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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中田 和雄, 田中 秀俊
1990 年 1 巻 p.
D-6
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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最近の分子生物学においては、各種の実験によってもたらされる多量の情報を、如何に整理、活用するかについて、その方法が色々と論じられている。その中でも、遺伝子やタンパク質に関する解析情報は、その量の多さに加えて、解析情報そのものの内容及び形態が多種にわたる為、これらをまとめて、1つの体系的な情報源を構築する方法は、その実現がかなり難しいようである。
新世代コンピュータ技術開発機構では、当機構の研究成果として開発した逐次推論マシン「PSI」の応用分野の1つとして、分子生物学における知識情報処理を選択した。そして今回、遺伝子やタンパク質に関する多量の解析情報の整理の1手段として、PSI上のデータベース構築用として開発されたデータベース管理システム「Kappa」を用いた遺伝子、タンパク質データベースの構築を行った。
Kappaは、既存のリレーショナル・データベースの概念を拡張し、非正規的な関係をも表現できるようにした、新しいタイプのデータベース管理システムである。またKappaは、PSI上で構築される各種の知識情報処理プログラムとの連係も簡単に行えるよう設計されている。
今回の発表では、Kappaの仕組みや利用方法の概要について説明する。併せて、今回行った、遺伝子データベース「Gen Bank」及びタンパク質データベース「PIR」のデータに基づいた、Kappaによる遺伝子、タンパク質データベース構築の内容、また、データベース構築と平行して作成した遺伝子配列のアライメント・プログラムや配列情報のビジュアル化プログラムとKappaとの連係について説明を行う。また、今回構築したデータベースの今後の応用方法や、分子生物学における Kappa利用の方向性などについても言及する。
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システイン・プロテアーゼの高次構造と機能の相関の解析
安川 民男, 片岡 良一
1990 年 1 巻 p.
G-7
発行日: 1990年
公開日: 2011/07/11
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