本州の4地点で採集したハコネサンショウウオの成体と胚を用いて染色体分析を行った.染色体数は2n=78であり,第4染色体の形態的変異が観察できた.津久井(神奈川県)と檜枝岐(福島県)の個体群では3つのタイプの第4染色体が存在し,立山(富山県)の個体群では2つのタイプの第4染色体が存在した.城ヶ倉(青森県)の個体群では1つのタイプだけであった.これら第4染色体の変異は,常染色体の変異であり,性染色体の形態的差違ではないと考えられる.Cバンド法とRバンド法による分析では,ハコネサンショウウオの染色体の腕間に多数のバンドを得ることはできなかったが,CバンドパターンはハコネサンショウウオモドキのCバンドパターンと類似していた.
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