Journal of Computer Chemistry, Japan
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10 巻 , 1 号
選択された号の論文の8件中1~8を表示しています
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巻頭言
ハイライト
研究論文
  • 関山 秀雄
    10 巻 (2011) 1 号 p. 1-10
    公開日: 2011/04/05
    [早期公開] 公開日: 2011/03/02
    ジャーナル フリー
    分子間相互作用は,物理学,化学,生物学の分野において極めて重要である.分子間相互作用に関する研究は,さまざまな環境下におかれた分子の動的な挙動について,基本的な理解を得るために重要である.今日の量子化学計算は,分子間相互作用を研究する上で非常に強力な手段となっている.本研究では,最初に,量子化学計算の方法,基底関数系の選択,基底関数重ねあわせ誤差(BSSE)が,ファンデルワールス二量体Ar2, Ar-NH3の相互作用エネルギーに及ぼす影響について調べた.次に,ファンデルワールス三量体Ar2-NH3について量子化学計算を行い,クラスターの構造,安定性を調べ,相互作用の性質について明らかにした.その結果,三量体Ar2-NH3の最安定構造は,1つのAr-Ar相互作用と2つのAr-NH3の相互作用の結果として解釈できることが判明した.
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  • Takayuki MATSUOKA, Shusuke SOMENO, Masahiko HADA
    10 巻 (2011) 1 号 p. 11-17
    公開日: 2011/04/05
    [早期公開] 公開日: 2011/03/02
    ジャーナル フリー
    We examined an equation-of-motion coupled-cluster (EOM-CC) method, which is basically equivalent to the SAC-CI method, starting from the generalized unrestricted Hartree-Fock (GUHF) wave function incorporated with a spin-dependent relativistic Hamiltonian. Demonstrations of the present method were carried out for the spin-orbit (SO) splitting energies of 3P and 2P states of relatively light atoms (Be - Ar). Although we considered only the lowest-order (c-2) Breit-Pauli one- and two-electron SO terms, it was found that the SO splitting energies calculated by the present method agree well with experimental ones, and are almost equivalent to those obtained by some conventional higher-order relativistic and electron-correlated methods.
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  • Hiroshi SAKIYAMA, Keisuke SUZUKI, Ryo YAMAGUCHI
    10 巻 (2011) 1 号 p. 18-24
    公開日: 2011/04/05
    [早期公開] 公開日: 2011/03/23
    ジャーナル フリー
    Conformational analysis was conducted for a dizinc(II) complex cation [Zn2(bomp)(OCOMe)2]+ based on the DFT method, where bomp- represents a dinucleating ligand: 2,6-bis[bis(2-methoxyethyl) aminomethyl]-4-methylphenolate anion. The complex cation is enantiomeric, and when the twisted angle-an angle between a phenolate plane and a plane including two zinc(II) ions and a phenolic oxygen atom-is positive, the most stable conformation of the chelating rings is (+, δ, δ), where the first symbol represents the sign of the twisted angle and the second and third symbols represent the conformations of equatorial and axial chelating rings, respectively. Computational modeling was also conducted to construct the most stable structure of the complex cation without referring to the crystal structure. The model was constructed step by step using molecular mechanics and DFT methods. Ultimately, the most stable structure was successfully obtained.
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  • 河合 健太郎, 吉丸 和孝, 高橋 由雅
    10 巻 (2011) 1 号 p. 25-31
    公開日: 2011/04/05
    [早期公開] 公開日: 2011/03/23
    ジャーナル フリー
    本論文では,進化的アルゴリズムの技法を用いた創薬候補構造の創出アプローチ(分子進化アルゴリズム)について報告する.本研究で提案する分子進化アルゴリズムでは,最初に,種(シード)構造を与え,これをもとに初期個体集団を生成する.得られた個体集合に交叉や変異を施し,生成された各個体の適応度評価を行い,次世代集団への生き残り個体を選抜(淘汰)する.これらの進化操作を繰り返し,最終世代に生き残った個体群を候補構造集合とする.個体(候補化学構造)の遺伝子表現には原子結合表を用いた.本法の妥当性を検証するため,適応度評価関数に構造類似度を用いた分子進化アルゴリズムを実装し,基本骨格から目標構造への進化計算を試みた.その結果,本アプローチにより,膨大な探索空間から適応度の高い化学構造が効率的に創出できることを確認した.
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技術論文
  • 吉村 季織, 福原 亘治, 三ツ木 健一郎, 高柳 正夫
    10 巻 (2011) 1 号 p. 32-43
    公開日: 2011/04/05
    [早期公開] 公開日: 2011/03/23
    ジャーナル フリー
    近年, 化学データを数学的・統計的手法により解析する「ケモメトリクス」が頻繁に用いられるようになってきた。しかし、日本の大学の化学教育の場ではほとんど取り上げられていない。ケモメトリクスや数値計算の専用ソフトウェアを使うことなく、現在最も普及しているソフトウェアのひとつであるMicrosoft Excel (Excel)の基本機能を用いてケモメトリクス計算を行うことができれば、多くの教育・研究機関で役立つものと思われる。シリーズ4回目は、主成分回帰を取り扱う。検量モデル作成用試料および未知試料のスペクトルの生成、NIPALSアルゴリズムによる主成分分析、得られた主成分スコアによる回帰(主成分回帰)を行うためのワークシートを作成した。さらに、重回帰およびLambert-Beer則に基づいた分析法との比較を行い、主成分回帰の優位性を示した。
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ノート
  • Amih SAGAN, 長嶋 雲兵
    10 巻 (2011) 1 号 p. 44-47
    公開日: 2011/04/05
    [早期公開] 公開日: 2011/03/02
    ジャーナル フリー
    初心者向けの教科書にはRHF法が正しくH2分子の解離ポテンシャル(H2 → H + H)を再現できず、さらに電子相関を取り入れた摂動計算であるRMP2法などもおかしな挙動を示す事が紹介されているが、どのような取り扱いをすれば正しい解離ポテンシャルを得られるかが示されていない. 本ノートではUHF法を正しく用いればH2分子の解離ポテンシャルを再現できる事を示し、あわせて正しいUHF法の解を0次とした摂動計算であるUMP2法, UMP3法, UMP4法を用いると電子相関を取り入れたH2分子の解離ポテンシャルを得ることができることを示す. RHF法とUHF法の解離ポテンシャルの違いは、平衡点近傍と核間距離が短いところで小さく、核間距離が1.2Åより大きくなると急激に大きくなることが判った.また核間距離が1.2Åより大きい領域では急激に電子相関は減少し、核間距離が2.5Å以上では、電子相関がほぼ0になってしまうことが判った.
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