Journal of Computer Chemistry, Japan
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11 巻 , 2 号
選択された号の論文の9件中1~9を表示しています
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巻頭言
ハイライト
研究論文
  • Yosuke KATAOKA, Yuri YAMADA
    11 巻 (2012) 2 号 p. 81-88
    公開日: 2012/08/10
    [早期公開] 公開日: 2012/06/06
    ジャーナル フリー
    Three-phase equilibrium in argon was obtained based on the thermodynamics of a perfect solid and liquid. The equation of state (EOS) for a perfect solid was previously obtained from the study of a pure substance with spherical molecules. The EOS for a perfect liquid is a van der Waals EOS with suitable coefficients to explain 3-phase equilibrium. The Lennard-Jones parameters for argon are applied to these EOSs. Thep-V-Trelations on the equilibrium lines are comparable with experimental and molecular simulation results. The calculated values of the average potential energy and entropy are also consistent with the simulations.
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  • Amih SAGAN, 長岡 伸一, 寺前 裕之, 長嶋 雲兵
    11 巻 (2012) 2 号 p. 89-92
    公開日: 2012/08/10
    [早期公開] 公開日: 2012/06/06
    ジャーナル フリー
    窒素分子N2は3重結合を持つ等核2原子分子として多くの教科書に紹介されているが,その電子状態に関する記述は最高占有軌道を σ 型とするものと π 型とするものがあり,まだ定まっていない.本論文では核間距離に関する分子軌道エネルギーの変化を示し,平衡核間距離付近の窒素分子N2最高占有軌道が π 型であることを示す.用いた計算方法はRHF/6-311G**である.平衡核間距離(1.0703 Å )近傍の最高占有軌道は π 型であるが,核間距離が1.045 Å より短くなると σ 型となる.
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  • 八木 徹, 神部 順子, 長嶋 雲兵, 青山 智夫
    11 巻 (2012) 2 号 p. 93-97
    公開日: 2012/08/10
    [早期公開] 公開日: 2012/06/06
    ジャーナル フリー
    2010年9月22日 16:18に宮崎大学工学部E棟東北方向,宮崎市木花台上空で観測された多重虹をデジタルカメラで撮影し,画像処理した.画像処理により多重虹に伴う多重の過剰虹も観測できた.また霧の端に第1の虹があることがわかった.
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  • 森 一樹, 樺島 智大, 源 聡, 玉城 哲平, 上田 一義
    11 巻 (2012) 2 号 p. 98-103
    公開日: 2012/08/10
    [早期公開] 公開日: 2012/06/30
    ジャーナル フリー
    分子動力学計算(MD計算)ソフトGromacsの計算支援ソフトGISP (Gromacs Input-file Supporting Program)を開発した.現在のバージョンでは,計算を行いたい分子のPDBファイルをGISPから選択するだけで,コマンドラインでの入力を行わずにグラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)から簡単にMD計算を行うことができる.また計算結果を解析する際は選択項目のボタンを押すだけでプロット及び表示することができる.GISPはpythonによってコーディングされているため,非常に拡張性が高いことが特徴である.今後MD計算を始めてみたい方やMD計算の講義などに有用で,MD計算を広められると考えている.本論文では,GISPの機能紹介と公開について記述している.
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  • 志賀 元紀, 高橋 由雅
    11 巻 (2012) 2 号 p. 104-111
    公開日: 2012/08/10
    [早期公開] 公開日: 2012/06/30
    ジャーナル フリー
    医薬品の候補となる化合物空間は極めて膨大であり,また,化合物関連データベースが大規模化しているため,少ない計算コストのデータ解析手法が望まれる.本研究では,高橋らの開発した特徴ベクトルであるトポロジカルフラグメントスペクトル(Topological Fragment Spectra, TFS)を圧縮するによって,計算コストを抑えるアプローチを検討した.まず,TFSが周期性のあるスペクトルであることを示した.そして,周期性信号の圧縮に用いられるフーリエ変換とウェーブレット変換に基づくアプローチを用いて圧縮する手法を検討した.各手法で圧縮した特徴ベクトルを用いた類似度構造検索および薬理活性予測の数値実験によって,ウェーブレット変換による圧縮がより効率的な圧縮法であることが示された.
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  • 金 泰亨, 金子 弘昌, 山城 直也, 船津 公人
    11 巻 (2012) 2 号 p. 112-120
    公開日: 2012/08/10
    [早期公開] 公開日: 2012/07/15
    ジャーナル フリー
    多くの蒸留プロセスでは,共沸現象が重要な問題であるため,設計段階から共沸有無の考慮が必要となる.今回は,任意の圧力における共沸有無を予測するため,圧力を追加した13変数を説明変数として用いてSVM解析を行った.1気圧と全圧力で測定された共沸データを用いてそれぞれのモデルを構築し,1気圧のデータに対して各モデルの予測性能を比較した.その結果から,1気圧モデルが全圧力モデルより精度良く推定可能なことが確認された.そのため,本研究では溶媒の原子団情報を活用して共沸予測モデルの精度向上を目指した.まず,同一の原子団を持つ溶媒を分類し,分類された溶媒のデータを用いてモデルを構築した.原子団情報に基づいて分類されたデータを用いて構築されたモデルは全データを用いて構築されたモデルより予測性能が高いこと,圧力による共沸有無の変化を予測できることを確認した.本研究で提案した手法により任意の圧力下で共沸有無を予測できると考えられる.
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