Journal of Computer Chemistry, Japan
検索
OR
閲覧
検索
12 巻 , 2 号
選択された号の論文の11件中1~11を表示しています
    • |<
    • <
    • 1
    • >
    • >|
巻頭言
ハイライト
研究論文
  • 八木 徹, 神部 順子, 石川 宏, 中山 榮子, 長嶋 雲兵, 青山 智夫
    12 巻 (2013) 2 号 p. 87-94
    公開日: 2013/06/30
    [早期公開] 公開日: 2013/02/14
    ジャーナル フリー
    2012年5月21日7:32から約5分間,本州東南側で起こった金環食の際,千葉県流山市, 東京都日野市, 東京都世田谷区の3地点でガイガーカウンタによる空間線量率の変化を測定した.測定値の周波数スペクトル分布は低・高周波部分に分離できた.高周波部分は2 – 2.6 minの現象であった.該当する部分を逆フーリエ変換により空間線量率の変化を再現した.宇宙線の擾乱と思われる現象があり,日食の最大食分時刻から5 – 22 minの遅延の後に5 min以上の静止を示した.遅延時間から太陽風のシンチレーションと考えられる.
    抄録全体を表示
  • Kimichika FUKUSHIMA
    12 巻 (2013) 2 号 p. 95-100
    公開日: 2013/06/30
    [早期公開] 公開日: 2013/06/08
    ジャーナル フリー
    This article investigates the relationship between the characteristic radii from an anion nucleus, by comparing RSP (the Shannon−Prewitt anion radius based on Pauling's theory with Goldschmidt's experimental data) with Req, at which the charge densities of one anion and cation respectively are equal in the interatomic region in an ionic crystal. Calculations were performed via the SIWB (surrounding or solid Coulomb-potential-induced well for basis set) method reported previously using the discrete variational (DV) molecular orbital method in a density functional theory (DFT) scheme. Numerical basis atomic orbitals were derived via the method introduced by the present author in a previous paper, in which a spherically symmetric well potential generated by the crystal Coulomb potential was added solely to the potential for electrons within the anion radius on the isolated anion. The radius Req for the well radius was determined to satisfy the conditions that the input value of the well radius for the anion coincides with the output value of Req after sequential repetitions. The analysis also obtained the radius Rmin, where the sum of the above two charge densities takes the minimum. It was clear that Req is relatively similar to the Shannon−Prewitt anion radius.
    抄録全体を表示
  • Yosuke KATAOKA, Yuri YAMADA
    12 巻 (2013) 2 号 p. 101-108
    公開日: 2013/06/30
    [早期公開] 公開日: 2013/05/10
    ジャーナル フリー
    Equations of state (EOS) are proposed for a system consisting of a perfect solid and a perfect liquid made up of single spherical molecules. The Lennard–Jones interaction is assumed for this system. Molecular dynamics simulations are performed to determine the temperature and density dependences of the internal energy and pressure. The internal energy term in the EOS is the sum of the average kinetic and potential energies at 0 K and the temperature-dependent potential energy. The temperature-dependent term of the average potential energy is assumed to be a linear function of the temperature and its coefficient is expressed as a polynomial of the number density. The pressure is expressed in a similar way, where the pressure satisfies the thermodynamic EOS. The equilibrium condition is solved numerically for the phase equilibrium of argon. The Gibbs energy gives a reasonable transition pressure for three-phase equilibrium in argon. The thermodynamic properties at low pressures have significant temperature dependences.
    抄録全体を表示
  • Jun KAWAKAMI, Hiroko KAKINAMI, Noriyuki MATSUSHIMA, Akio NAKANE, Haruo ...
    12 巻 (2013) 2 号 p. 109-112
    公開日: 2013/06/30
    [早期公開] 公開日: 2013/04/24
    ジャーナル フリー
    Tryptanthrin (T) and eight of its monosubstituted derivatives (T2NH2, T2Cl, T2Br, T2NO2, T8OMe, T8Me, T8F, and T8Br) were synthesized, and their antimicrobial activities were investigated against a fungus (Malassezia furfur) and a gram-positive bacterium (methicillin-resistant staphylococcus aureus, MRSA). Antimicrobial activities of these derivatives were influenced by the substituents on tryptanthrin, with the halogen-substituted tryptanthrin derivatives (T2Cl, T2Br, T8F, and T8Br) showing the highest potency against M. furfur and MRSA. Therefore, semiempirical molecular orbital calculations (PM3) were performed on T and its eight derivatives to investigate the cause of the differences in their antimicrobial activities. The results of the calculations showed that antimicrobial activities could be related to the electrophilicity of the carbonyl carbon of the five-membered ring.
    抄録全体を表示
  • 岸尾 拓弥, 金子 弘昌, 船津 公人
    12 巻 (2013) 2 号 p. 113-121
    公開日: 2013/06/30
    [早期公開] 公開日: 2013/05/18
    ジャーナル フリー
    材料設計,分子設計などの様々な実験において,望んだ物性を持つ材料や分子の探索は困難を極める.従来は実験者の経験や勘を頼りに原料組成や反応条件などのパラメータを網羅的に設定することにより実験が進められてきたが,こうした方法では実験回数が増加してしまい開発にかかるコストは時間的にも費用的にも莫大なものとなる.実験回数を軽減するために実験計画法に関する研究が進められてきた.その1つとして,統計的手法である回帰分析手法を用いて各パラメータ候補に対応する物性予測値を算出することで効率的に探索を行う手法が開発されてきたが,この手法では適切に外挿領域を探索することが困難であった.更にパラメータの数が増えるに従い予測が困難となり,十分な予測精度を持つ領域が限られてしまう.このため本手法では回帰モデルによる予測値に加えて,gaussian processモデルにより算出された予測誤差及びone-class support vector machine (OCSVM)モデルにより算出された既存データの分布密度を踏まえて最適なパラメータ候補の選択を行うことを提案する.これによりモデルの適用範囲を設定することで予測値信頼性の高い外挿領域を適切に探索することができ,様々な系における実験コストの低下を実現できると期待される.シミュレーションデータや水溶解度の物性データを解析したところ,本手法を用いることにより物性予測値のみを指標とした探索と比較して少ない実験回数で目的とする物性値を満たす候補を発見することができ,効率的なパラメータ探索が可能であることが確認された.
    抄録全体を表示
  • 八木 徹, 神部 順子, 中山 榮子, 長嶋 雲兵, 青山 智夫
    12 巻 (2013) 2 号 p. 122-132
    公開日: 2013/06/30
    [早期公開] 公開日: 2013/06/24
    ジャーナル フリー
    環境中の放射性物質の半減期,滞留半減期の計算法を明らかにした.滞留半減期は放射性物質の移動を示す指標であり,期間により正負の値を取る.効果を実例で示すため,福島県と東京都の2地点の空間線量率測定値を用いて滞留半減期を計算した.その処理中でFourier変換により空間線量率の変化の中の低・高周波現象を分離した.分離された低周波成分から滞留半減期の期間ごとのベクトル(関数)を計算した.その関数は春の到来と伴に大気の流動が大きくなり,放射性物質が移動することを示した.
    抄録全体を表示
  • 寺前 裕之, 伊藤 裕哉, 長嶋 雲兵
    12 巻 (2013) 2 号 p. 133-137
    公開日: 2013/06/30
    [早期公開] 公開日: 2013/06/24
    ジャーナル フリー
    Ptn (n = 1–4)クラスターを用い,RHF/LANL2DZレベルで水素分子H2の1重項状態での解離反応の反応経路を求めることを試みた.Pt1-Pt3クラスターに対しては,水素原子の解離・吸着を表すようなポテンシャル面は得られなかった.一方,Pt4クラスターにおいては,水素原子の解離・吸着を示すポテンシャル面が得られ,水素分子の解離・吸着の反応過程を再現するにはPt4以上のクラスターが必要なことがわかった.
    抄録全体を表示
技術論文
  • 八木 徹, 神部 順子, 中山 榮子, 長嶋 雲兵, 青山 智夫
    12 巻 (2013) 2 号 p. 138-144
    公開日: 2013/06/30
    [早期公開] 公開日: 2013/02/14
    ジャーナル フリー
    航空機から対流圏上層部に灰色の霧の帯や積雲頭部に黒灰色の霧を見ることがある.このような高層大気の汚染を示唆する現象は2007年頃から頻繁に見かける.この現象を調査するため2011年9月14日から15日にかけて29時間,乗鞍岳摩利支天山頂(標高2872 m)にて大気の状態を観測した.その結果,自由大気層の大気はまだ清浄であるが汚染の長距離移動の前兆と思われる黒色mist層が広範囲に存在しはじめていることが分かった.
    抄録全体を表示
  • 稲富 雄一, 眞木 淳, 本田 宏明, 高見 利也, 小林 泰三, 青柳 睦, 南 一生
    12 巻 (2013) 2 号 p. 145-155
    公開日: 2013/06/30
    [早期公開] 公開日: 2013/05/18
    ジャーナル フリー
    京コンピュータをはじめとしたクラスタ型超並列計算機で効率的に超並列FMO計算することを目指して,並列FMOプログラムOpenFMOの高性能化に取り組んでおり,一環としてモノマーやダイマーの小規模電子状態計算部分の最適化を行った.MPI/OpenMP hybrid並列化や,新たに実装したグローバルカウンタを用いた動的負荷分散の適用などにより,フラグメントの電子状態計算で負荷の大きな分子積分計算部分の並列化効率が256並列時に94%になった.その一方で,100並列を超えるフラグメント電子状態計算を行う場合には,数10並列時にはほとんど性能に影響しなかった対角化などの並列化困難な部分の存在により,並列性能が低下していることが明らかとなった.また,2万並列でのHF/FMO計算を約30分で行うことが出来たことから,近い将来,1000フラグメント程度の分子に対するFMO計算を手軽に行えるようになることが期待される.
    抄録全体を表示
    • |<
    • <
    • 1
    • >
    • >|
feedback
Top