Here I introduce some examples of molecular structures related to disease therapy. One is oseltamivir which is also given the trade name Tamiflu. The important processes of influenza infection are to ENTER the host cell and to GO OUT from it, and some of the antiviral medicines target these processes. The enzyme neuraminidase clips off a sialic acid from the cell membrane to assist the replicated viruses to go out. Tamiflu is a molecule with a similar structure to it which also binds to neuraminidase, and inhibits the enzyme function (Figure 1). In the case of mutant enzyme (H274Y), Tamiflu binds to it weaker than the wild type, so Tamiflu has less effect than the mutant type. The replaced 274th residue tyrosine is bulkier than the original amino acid histidine and causes orientation change of the amino acid at the active site (Figure 2). Another example is involved in Ebolavirus causing epidemics in West Africa. Although the effective therapeutic medicine and vaccine have not been found yet, the molecular structure of the antibody complex with virus glycoprotein from a human survivor is already deposited to PDB (Figure 3). Now scientists are searching for some effective chemicals and methods using this information.

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水素原子のなかの電子を描くいろいろな手法を比較した．電子の存在確率をガラスブロック内に実3次元で彫刻する方法における確率の雲（電子雲）の物理的意味を，確率密度の分布図を描くことにより説明した．

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フラグメント分子軌道(Fragment Molecular Orbital; FMO)法はタンパク質などの巨大分子の電子状態計算を可能にする方法であり，FMO計算によって得られるフラグメント間相互作用エネルギー(Inter Fragment Interaction Energy; IFIE)がタンパク質-リガンド間相互作用などを理解する上で有用であるため創薬研究などに用いられている．本研究ではFMO計算プログラムABINIT-MP及びそのプリポストBioStation Viewerに，IFIEを静電相互作用エネルギー(ES)，交換反発エネルギー(EX)，電荷移動相互作用エネルギー(CT+mix)，分散エネルギー(DI)の4つのエネルギー成分に分割・解析できる機能PIEDA (Pair Interaction Energy Decomposition Analysis)を実装し，複数のタンパク質-リガンド系で実証計算を行った．その結果，ノイラミニダーゼ-オセルタミビル，EGFRチロシンキナーゼ-エルロチニブ，エストロゲン受容体-リガンド複合体の3つの系がそれぞれ異なる特徴的なタンパク質-リガンド間相互作用を持っていることが示され，IFIEを各エネルギー成分に分割して評価できるPIEDAの有用性が示された．

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A simple, universal equation of state (EOS) for hydrocarbons is proposed. This EOS allows estimation of the effective potential parameters ε and σ in the Lennard-Jones function as analytic functions of n, the number of electrons in the hydrocarbon molecule. Using these parameters, the thermodynamic properties of hydrocarbons may be calculated based on the EOS for a perfect liquid, as already proposed in the Lennard-Jones system. The thermodynamic properties estimated in this manner for various hydrocarbons have been found to be reasonably similar to experimentally obtained values.

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EXCELによる分子動力学プログラムを開発した．採用した分子模型はレナードージョーンズ関数である．実行方法，結果の読み方，設定条件の入力の仕方などを示した．ワークシートから系の状態を規定する温度と数密度を与える．熱力学量の他にニ体相関関数，積算配位数，平均ニ乗変位，速度自己相関関数，自己拡散係数などが計算できる．プログラムはEXCEL worksheet として付録に示される．

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