Journal of Computer Chemistry, Japan
Online ISSN : 1347-3824
Print ISSN : 1347-1767
14 巻 , 1 号
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巻頭言
ハイライト
研究論文
  • 塚本 貴志, 加藤 幸一郎, 加藤 昭史, 中野 達也, 望月 祐志, 福澤 薫
    2015 年 14 巻 1 号 p. 1-9
    発行日: 2015年
    公開日: 2015/03/30
    [早期公開] 公開日: 2015/01/30
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    フラグメント分子軌道(Fragment Molecular Orbital; FMO)法はタンパク質などの巨大分子の電子状態計算を可能にする方法であり,FMO計算によって得られるフラグメント間相互作用エネルギー(Inter Fragment Interaction Energy; IFIE)がタンパク質-リガンド間相互作用などを理解する上で有用であるため創薬研究などに用いられている.本研究ではFMO計算プログラムABINIT-MP及びそのプリポストBioStation Viewerに,IFIEを静電相互作用エネルギー(ES),交換反発エネルギー(EX),電荷移動相互作用エネルギー(CT+mix),分散エネルギー(DI)の4つのエネルギー成分に分割・解析できる機能PIEDA (Pair Interaction Energy Decomposition Analysis)を実装し,複数のタンパク質-リガンド系で実証計算を行った.その結果,ノイラミニダーゼ-オセルタミビル,EGFRチロシンキナーゼ-エルロチニブ,エストロゲン受容体-リガンド複合体の3つの系がそれぞれ異なる特徴的なタンパク質-リガンド間相互作用を持っていることが示され,IFIEを各エネルギー成分に分割して評価できるPIEDAの有用性が示された.
  • Yosuke KATAOKA, Yuri YAMADA
    2015 年 14 巻 1 号 p. 10-17
    発行日: 2015年
    公開日: 2015/03/30
    [早期公開] 公開日: 2015/02/26
    ジャーナル フリー HTML
    A simple, universal equation of state (EOS) for hydrocarbons is proposed. This EOS allows estimation of the effective potential parameters ε and σ in the Lennard-Jones function as analytic functions of n, the number of electrons in the hydrocarbon molecule. Using these parameters, the thermodynamic properties of hydrocarbons may be calculated based on the EOS for a perfect liquid, as already proposed in the Lennard-Jones system. The thermodynamic properties estimated in this manner for various hydrocarbons have been found to be reasonably similar to experimentally obtained values.
技術論文
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