Journal of Computer Chemistry, Japan
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14 巻 , 5 号
選択された号の論文の6件中1~6を表示しています
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巻頭言
ハイライト
研究論文
  • 坂口 正貴, 望月 祐志, 渡邉 千鶴, 福澤 薫
    14 巻 (2015) 5 号 p. 155-163
    公開日: 2015/12/18
    [早期公開] 公開日: 2015/12/03
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    DsRedはDiscosoma種サンゴから単離された赤色蛍光タンパク質(RFP)の一種である.私たちのグループでは,多層フラグメント分子軌道(MFMO)スキームの下,クロモフォアにCIS (D)系の励起状態計算法を用いてDsRedの励起エネルギー・発光エネルギーを算定し,実験のスペクトルの極大値との良好な対応を報告している[Mochizuki et al., Chem. Phys. Lett., 433, 360 (2007) & Taguchi et al., J. Phys. Chem. B, 113, 1153 (2009)].しかし,色素部近傍の水分子,隣接アミノ酸残基の側鎖の配向や構造緩和についての検討は必ずしも明示的になされてはいなかった.そこで今回,励起エネルギーを指標としてこれらの影響を系統的に検証した.その結果,前者では色素部CRQ66や周辺アミノ酸残基と水素結合ネットワークを形成している水2分子の存在,および色素に隣接するSer69の側鎖のOH基の配向,さらに隣接する荷電性のLys163とGlu215の構造の緩和が重要であることが確認された.これらは,結果として既報でのタンパク質構造のモデリングの妥当性を支持するものとなった.
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  • 植村 豪, 落合 譲司, 河村 雄行, 平井 秀一郎
    14 巻 (2015) 5 号 p. 164-171
    公開日: 2015/12/18
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    近年急速に普及が進む電気自動車に対し,航続距離の長大化を実現できる電源として理論エネルギー密度が最も高いリチウム空気二次電池の開発が進められているが,十分な電流密度が得られておらず,電池性能の大幅な向上が求められている.そこで電池内の電流は電解質のイオンが担っていることから,水系リチウム空気電池の電解質に用いられるLiCl水溶液内のイオンの基礎的挙動について,分子動力学シミュレーションを行った.解析の結果,密度や自己拡散係数が実験値と定量的,定性的によい一致を示す結果が得られ,電解質の濃度が増加するほど水溶液中で多くのイオン対やイオンクラスターが形成されていることが分かった.
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技術論文
  • 山田 祐理, 片岡 洋右
    14 巻 (2015) 5 号 p. 172-176
    公開日: 2015/12/18
    [早期公開] 公開日: 2015/12/03
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    分子動力学(MD)法の初学者への入門のために,Wolfram MathematicaによるMDのプログラムを開発した.MD計算やその結果を解析するアルゴリズムを理解し易いように,扱う分子間相互作用はLennard-Jones 12–6ポテンシャル,MDセルは立方体,アンサンブルはNEVまたはNVTアンサンブルのみとした.Mathematicaのノートブックファイル内で,粒子数,数密度,温度などの計算条件を設定する.計算結果は,熱力学量のほかに粒子の軌跡,粒子配置,二体相関関数,速度自己相関関数,平均自乗変位および自己拡散係数が出力される.
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