Journal of Computer Chemistry, Japan
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16 巻 , 3 号
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巻頭言
ハイライト
研究論文
  • 矢部 誠, 園部 智彩, 上田 一義, 武田 穣
    16 巻 (2017) 3 号 p. 63-69
    公開日: 2017/09/30
    [早期公開] 公開日: 2017/08/24
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    Molecular dynamics (MD)の実行に必須の結合角や電荷などのパラメータセット(力場)がライブラリに存在しない場合,力場の量子力学計算による算出やパラメータ自動生成ツールの活用という手法が用いられる.しかし,これらの手法は原子数の多い高分子の場合には適していない.そこで,3つの単位構造(両末端の単位と中央部の繰り返し単位)を含むオリゴマーの力場を算出し,それらをポリマー形式(両末端部+中央部 × n)に変換し対処することがよく行われる.しかしながら,変換は手作業にならざるを得ず,非効率的でヒューマンエラーの恐れもある.そこで,反復構造を持つ高分子に対するMDを簡便かつ確実に実行すべく,分子動力学ソフトとして汎用されているGromacs用の力場変換半自動化プログラムo2pを開発した.開発にあたっては,作業負荷の低減と時間短縮を意図してGUIを積極的に取り入れた.また,複雑なファイル変換過程を自動化することによってヒューマンエラーの一掃を目指した.本プログラムにより変換したファイルを用いてノナン中のアミロース分子を想定した系でMDを実行したところ,実験による報告と同じく左巻きの一重らせん構造が形成され,プログラムが有効に動作していることを確認した.

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