Journal of Computer Chemistry, Japan
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17 巻 , 4 号
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巻頭言
研究論文
  • 桂樹 哲雄, 金谷 重彦, 高橋 由雅
    2018 年 17 巻 4 号 p. 163-171
    発行日: 2018年
    公開日: 2018/12/26
    [早期公開] 公開日: 2018/07/20
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    本研究では,天然有機化合物を対象とした,環系骨格構造とその関連する生理活性を相互に検索することができる辞書システムNTGdic/BOC (NTG dictionary for Bioactive Organic Compounds)を開発した.NTG (Non-Terminal vertex Graph)として表される環系骨格構造に注目し,天然有機化合物データベースKNApSAcK familyに収録されている51247件の化合物の化学構造式を対象に,単純グラフ,頂点重み付きグラフなど5種類の異なるグラフ表現を用いて,延べ57867件のNTGを抽出するとともに,既知の140種類の生理活性との関連付けを行った.これらの結果は関係データベース(関係辞書)としてシステムに実装した.NTGdic/BOCでは,構造エディタを用いて作画入力したクエリ化合物の化学構造式から,利用者が指定するグラフ表現レベルでのNTGを自動的に抽出し,NTG-活性辞書を用いて,関連する生理活性を参照することができる.一方,生理活性からNTG骨格構造を検索することや,各々のNTGの由来化合物を参照することもできる.また,類似構造(または類似NTG)検索も利用可能である.

  • 新庄 永治, 奥脇 弘次, 土居 英男, 望月 祐志, 古石 誉之, 福澤 薫, 米持 悦生
    2018 年 17 巻 4 号 p. 172-179
    発行日: 2018年
    公開日: 2018/12/26
    [早期公開] 公開日: 2018/09/12
    ジャーナル フリー HTML

    ドラッグ・デリバリー・システムにおけるナノ微粒子設計の効率化のために,分子シミュレーションによる物性予測や原子分解能のメカニズム解明が望まれている.本研究では,散逸粒子動力学 (DPD) 法とX線小角散乱を用いて,脂質二重膜および混合脂質のベシクル形成の分子メカニズムを明らかにすることを目的として検討を行った.DPDシミュレーションに用いる相互作用パラメータは,フラグメント分子軌道 (FMO) 法を用いて高精度に算定した(FMO-DPD法).脂質二重膜形成の結果から,飽和結合のみをもつリン脂質 (DPPC) よりも不飽和結合をもつリン脂質 (DOPC) の方が,膜流動性が高いことが分かった.さらに,リン脂質と正電荷脂質を混合したベシクルの形成では,正電荷脂質の比率が増えるにつれて膜の流動性が高くなり,球から扁平球へと形状が変化することが明らかとなった.

  • 神部 順子, 小原 裕二, 青山 智夫, 長嶋 雲兵
    2018 年 17 巻 4 号 p. 180-187
    発行日: 2018年
    公開日: 2018/12/26
    [早期公開] 公開日: 2018/11/30
    ジャーナル フリー HTML

    可視光の衛星画像を新たな環境科学の研究資料及び教材とするための解析手法を開発した.環境の異変は特に微細な色相の変化に現れるので,色相とコントラストの強調法を新たに開発し, その手法を用いて2018年1月のタンカーSanchi号の沈没事故後のひまわり8号撮影の衛星写真を解析したところ,海中に投棄された凝縮物(Condensate)の影響は見いだせなかったが,重油と考えられる海面の黒色帯が存在することが分かった.また東シナ海の富栄養化が日本の排他的経済水域(Exclusive Economic Zone: EEZ)近くまで及んでいること,時にはその海水の一部が九州西岸に到達することが分かった.

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