Journal of Computer Chemistry, Japan
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2 巻 , 1 号
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研究論文
  • 吉村 忠与志, 青山 義弘, 上嶋 晃智
    原稿種別: 研究論文
    2003 年 2 巻 1 号 p. 1-6
    発行日: 2003年
    公開日: 2003/05/16
    ジャーナル フリー
    ステレオペア表示は、構造的に重なりの多い分子の立体構造表示などに利用されている。これをグラフの散布図作成に応用したのは本論文の独自な部分である。ステレオペアの散布図は、一般的な表計算ソフトExcel/VBAにより作成することができ、近接のクラスタ同士を3次元空間にプロットするのに有効である。主成分のスコアは数次元のデータに及ぶが、人間の視覚に訴えるものとしては3次元が限度であり、ステレオペア散布図の作成はパターン認識法の視覚化に貢献するものである。
  • 目黒 俊幸, 安藤 格士, 山登 一郎
    原稿種別: 研究論文
    2003 年 2 巻 1 号 p. 7-16
    発行日: 2003年
    公開日: 2003/05/16
    ジャーナル フリー
    私たちは分子の構造を研究するため、様々な場面で活用できるオブジェクト指向クラスライブラリー、YLOを開発した。 本ライブラリは無機分子から生体高分子までの幅広い対象を扱えるように設計されている。
    YLO は C++で書かれており、多くのクラス (プログラムユニットの一種であり、Fortran のサブルーチンに似ている) がその中に含まれている。全体的なクラス構成の様子はFigure 1に示される。各々のクラスごとに、分子の構造情報を操作するために必要な様々な機能が割り当てられている(Table 1)。
    Figures 2, 3 に示したように、ユーザーは複数のクラスを組み合わせることで、分子構造の解析やシミュレーションなどを行う様々なソフトウェア("モンテカルロシミュレーター"や"遺伝的アルゴリズムを用いたパラメータ最適化プログラム"等)を作成することができる。
  • 小田 彰史, 広野 修一
    原稿種別: 研究論文
    2003 年 2 巻 1 号 p. 17-26
    発行日: 2003年
    公開日: 2003/05/16
    ジャーナル フリー
    分子力学法、分子動力学法によるエネルギーの計算における非結合相互作用の計算のために、各原子上の電荷を求めることは非常に重要である。このとき分子のとる配座によって電子状態は変化するため、それぞれの配座に対する電荷を計算する必要がある。配座の変化に対応し、かつ簡単に計算できる手法としてRappéらによって電荷平衡法(QEq法)が提唱されているが、QEq法およびその改良法であるQEq/PD法、MQEq法では、一つの原子に対して周囲の環境によらず一種類のパラメータを与えている。本研究ではBakowiesらによって提案されたQEq/PD法に対してatom typeの概念を導入し、原子の置かれた環境によって同種の原子に対しても別のパラメータを用いる方法を提唱する。また、Bakowiesらによってまだ決められていない硫黄、リンについてもパラメータを決定した。これにより、硫黄、リン原子を含む分子やニトロ化合物、ヘテロ原子を含んだ共役五員環を持つ分子などに対して、QEq法によって適切な電荷を与えることができる。
  • 伊多波 正徳, 湊 淳, 小澤 哲, 比企 能夫
    原稿種別: 研究論文
    2003 年 2 巻 1 号 p. 27-32
    発行日: 2003年
    公開日: 2003/05/16
    ジャーナル フリー
    2次元六方格子質量-バネモデル結晶について分子動力学計算機実験を行った。非調和力を3次の項まで、また、中心力を最近接と第2近接原子について考慮した。入力変位を結晶面の原子に与え、結晶中の原子に誘導された変位と全エネルギーを計算した。結晶の2つの方向について、入力変位を与えると、ソリトンが原子の励起として観測された。最近接原子間ポテンシャルと第2近接原子間ポテンシャルの比に対する生成されたソリトンの伝搬速度および強さについて調査した。
技術論文
  • 佐伯 和光, 田辺 和俊, 松本 高利, 上坂 博亨, 天野 敏男, 船津 公人
    原稿種別: 技術論文
    2003 年 2 巻 1 号 p. 33-40
    発行日: 2003年
    公開日: 2003/05/16
    ジャーナル フリー
    プラスチック廃棄物のリサイクル技術向上のために,近赤外分光測定とニューラルネットワーク解析を組み合わせて,ポリエチレンの密度を迅速に識別する手法を検討した. 市販のポリエチレンのペレットもしくは粉末23種類(密度範囲:0.898-0.962 g cm-3)について,波長1.1~2.2 μm領域の近赤外反射スペクトルを測定した後,二次微分処理を行い,3層構造のニューラルネットワークでバックプロパゲーション法にて学習を行い,leave-one-out法による予測テストを行った.その結果,少数の学習データを用いたにもかかわらず,ポリエチレンの密度は平均誤差0.00026 g cm-3以内で予測可能であることを確認した.比較として主成分回帰分析及びPLS回帰分析を行ったところ,その平均予測誤差はそれぞれ,0.0043 および 0.0031 g cm-3であった.近赤外分光測定とニューラルネットワーク解析を組み合わせるとポリエチレンの密度が正確に予測可能であることが分かった.
  • 末永 正彦
    原稿種別: 技術論文
    2003 年 2 巻 1 号 p. 41-48
    発行日: 2003年
    公開日: 2003/05/16
    ジャーナル フリー
    PostgreSQLをデータベースサーバーとし、データの入出力を行うクライアントをJava言語で作成することで、サーバー&クライアント型の試薬管理システムを開発した。試薬瓶に付けたバーコードで管理を行い、データ入力の軽減を図るため天秤の読みの自動入力化とバーコード読み取り機を備えたシステムにした。サーバー&クライアント型の管理システムにする利点は、ネットワークを通してデータの授受ができる点にある。データベース本体と入出力部が分離できるので、複数の端末がある場合でもデータベースは一つでよく、試薬データの一元管理が容易になる。
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