Journal of Computer Chemistry, Japan

総説

インシリコ分子：構造式の生成とその応用

KERBER Adalbert, LAUE Reinhard, MERINGER Markus, RUCKER Christoph

2004 年 3 巻 3 号 p. 85-96
発行日: 2004年
公開日: 2004/11/04

DOIhttps://doi.org/10.2477/jccj.3.85

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コンビナトリアルケミストリー，構造解析，および化学の他分野における情報処理においては，コンピュータ支援による構造生成（ある決まった構造空間のなかで，すべての構造(構造式)をコンピュータの助けにより生成させること）がますます重要になっている．この総説では，古典的な分子モデルとその生成プロセスの数学的な基礎を概観する．さらに，構造式生成の現状を，Bayreuthグループにより開発されたソフトウェアへの応用を例にとって議論する．

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研究論文

組み合わせ化学のグラフ的モデル化

藤田眞作, EL-BASIL Sherif

2004 年 3 巻 3 号 p. 97-102
発行日: 2004年
公開日: 2004/11/04

DOIhttps://doi.org/10.2477/jccj.3.97

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藤田の開発した剰余類代数理論 (Shinsaku Fujita, Symmetry and Combinatorial Enumeration in Chemistry, Springer-Verlag, Berlin Heidelbelg (1991))を着色グラフを用いて研究し，剰余類表現，マーク，指標，および群減縮をグラフ的にモデル化した．

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ゼオライトの相関二次元NMRスペクトルのピーク帰属アルゴリズムのグラフ理論による改良

BROUWER Darren H., LLOYD E. Keith

2004 年 3 巻 3 号 p. 103-108
発行日: 2004年
公開日: 2004/11/04

DOIhttps://doi.org/10.2477/jccj.3.103

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ゼオライトの相関二次元NMRスペクトルのピーク帰属アルゴリズムの改良版について述べる．ゼオライトの骨格構造と相関二次元スペクトルは，両方ともグラフとして表現される．このため，ピークの帰属は，この二つの準同型を示すグラフの頂点のラベル付を見つけることに帰せられる．この論文では，構造グラフとスペクトルグラフの初期解析が，ピークの同一性の可能性についての情報をあたえることを示し，これによりピーク帰属アルゴリズムの効率が大きく改良されるを示す．ゼオライトZSM-5の固体MAS (magic-angle spining) ²⁹Si NMRスペクトルのピーク帰属を例にとって，二次元²⁹Si INADEQUATE NMRスペクトルにより，本アルゴリズム改良の効果を実証した．

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ほとんどすべての木および化学木は同等分離可能な仲間をもつ

VUKICEVIC Damir, GUTMAN Ivan

2004 年 3 巻 3 号 p. 109-112
発行日: 2004年
公開日: 2004/11/04

DOIhttps://doi.org/10.2477/jccj.3.109

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木Tがn個の頂点をもつとし，記号eでその辺の一つをあわらす．記号n₁(e|T)およびn₂(e|T)により，Tの頂点のうち，辺eの両端についた頂点の数をあらわし，n₁(e|T) + n₂(e|T) = nとする．便宜上，n₁(e|T) ≤ n₂(e|T)とする．T^′およびT^′′が同じ数nの頂点をもつ木であり，さらに，それらの辺e₁^′,e₂^′,&ldots;,e_n-1^′およびe₁^′′,e₂^′′,&ldots;,e_n-1^′′が，すべてのi = 1,2,&ldots;,n-1に関して，n₁(e_i^′|T^′) = n₁(e_i^′′|T^′′)となるように番号付できるならば，T^′およびT^′′は同等分離可能であるという．これまでに研究されてきた，分子グラフに基礎を置いた構造記述子は，同等分離可能な木同士で比べると等しい値をもつ．このことは，これらの記述子の不利な点である．これまでに，同等分離可能な木の同族が多数存在することが知られている．この論文では，同等分離可能性が特殊ではないこと，ほとんどすべての木が同等分離可能な仲間をもつことを示す．このことは，化学木でも同様に成立する．

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スフェリシティとスフェリシティ指標．立体化学再構築のための数学に基づいた非数学的アプローチ

藤田眞作

2004 年 3 巻 3 号 p. 113-120
発行日: 2004年
公開日: 2004/11/04

DOIhttps://doi.org/10.2477/jccj.3.113

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トピシティ関連の二種の術語の併用の限界を論じたのち，そのかわりにスフェリシティ関連の術語を使えば，簡潔で首尾一貫した議論ができることを示した．スフェリシティ指標を導き，与えられた対称性をもつ誘導体の存在を検証するのに使えることを論じた．

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