Journal of Computer Chemistry, Japan
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4 巻 , 2 号
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研究論文
  • 加藤 博明, 近松 信一, 高橋 由雅, 阿部 英次
    2005 年 4 巻 2 号 p. 33-42
    発行日: 2005年
    公開日: 2005/07/12
    ジャーナル フリー
    本研究では、タンパク質中の主鎖や構成二次構造セグメントに沿った従来の立体構造表現とは異なる視点による三次元構造データマイニングを実現するため、グリシン残基の三次元配置に注目した新たな縮約表現(グリシンフィルタ)を定義した。また、筆者らが先に報告したグラフ論的なアプローチにもとづく三次元共通構造特徴の自動認識プログラムAIMを拡張し、三分子以上の複数タンパク質を対象とした特徴探索を可能とした。三つのdehydrogenaseタンパク質を対象に従来の二次構造セグメント単位ならびにグリシンフィルタでそれぞれ縮約表現して探索実験を試みたところ、いずれもNAD結合ドメインに関連する三次元共通構造特徴を正しく同定することができた。一方、nitrogenase中のNifH/frxCモチーフ部位に含まれる7個のグリシンの三次元幾何パターンをクエリーとして、PDBから抽出した1,300件のテストデータベースに対して三次元部分構造検索を試みたところ、hybrid cluster protein等のいくつかのタンパク質構造で、鉄-硫黄に関連するクラスタ周辺の類似の三次元構造特徴を見出すことができた。これらの結果はタンパク質三次元構造データマイニングにおける本法の有用性を示すものである。
  • TAKAHASHI Yoshimasa, FUJISHIMA Satoshi, NISHIKOORI Katsumi, KATO Hiroa ...
    2005 年 4 巻 2 号 p. 43-48
    発行日: 2005年
    公開日: 2005/07/12
    ジャーナル フリー
    This paper describes classification and prediction for pharmacologically active classes of drugs under the presence of noise chemical compounds. Dopamine D1 receptor agonists (63 compounds), antagonists (169 compounds) and other drugs (696 compounds) were used for the work. Each drug molecule was characterized with Topological Fragment Spectra (TFS) reported by the authors. TFS-based artificial neural network (TFS/ANN) and support vector machine (TFS/SVM) were employed and evaluated for their classification and prediction abilities. It was concluded that the TFS/SVM works better than TFS/ANN in both the training and the prediction.
  • 西村 拓朗, 船津 公人
    2005 年 4 巻 2 号 p. 49-58
    発行日: 2005年
    公開日: 2005/07/12
    ジャーナル フリー
    近年、クリーンエネルギーとして注目されている水素を利用した環境低負荷型エネルギーシステムの創生が期待されている。水素供給源として天然ガス(メタン)の改質によるプロセスが検討されており、水素製造時のエネルギー効率の大幅な向上を目指して、多孔質無機膜を利用した高効率高温水素分離膜のモジュール化に関する技術開発が実用化に向けて進行している。この分離膜モジュールを実用化するためには、実験室レベルの試作機による基礎データ集積のみならず、性能評価のための実証プラントによる運転実績が不可欠であると考えられてきた。高効率分離膜モジュールの設計に際しては、その構造パラメーター(寸法や膜の配置など)の多様性と分離効率に関する基礎データの蓄積が必要となるが、これを満たすには膨大な研究資源が必要となる。この問題を解決するために本研究では、分離膜モジュールの構造パラメーターを入力データとして計算流体力学により分離膜モジュールの分離性能をシミュレーションし、その評価結果を指標として遺伝的アルゴリズムを応用して膜モジュールの構造パラメーターを最適化するシステムを構築し、このシステムが効率よく分離膜モジュールの構造最適化を実現することを確認した。このことは構造設計における性能評価を大幅に短縮し、装置製造の開発期間短縮に寄与できることを示唆する。
  • MITOMO Shun-ichi, TOKITA Sumio, SENO Manabu
    2005 年 4 巻 2 号 p. 59-68
    発行日: 2005年
    公開日: 2005/07/12
    ジャーナル フリー
    Relationships between the HOMO energy, the ν(C=O) stretching band, basicity(pKa), and σ(p) in phosphorus ylides have been studied. A linear relationship between the HOMO energies obtained by the AM1, HF/3-21G, and HF/6-31G methods and pKa was found. The same linear relationship was found between the HOMO energies obtained by these methods and σ(p)(indicated p-position). Thus, the HOMO energy can be adopted instead of pKa and σ(p) for choosing the ylide as the donor in organic reactions. In addition, a linear relationship between the ν (C=O) stretching bands obtained by these methods and the parameters described above was found.
    Hence, as for the electron donation of the ylide, it is noted that the HOMO energy can be used instead of pKa as a new method for showing the basicity of ylides. Furthermore, the ν(C=O) stretching bands obtained by these methods can be estimated by the HOMO energy obtained by the same methods.
  • FUJITA Shinsaku
    2005 年 4 巻 2 号 p. 69-78
    発行日: 2005年
    公開日: 2005/07/12
    ジャーナル フリー
    The XyMTeX2PS system for typesetting chemical documents having structural formulas has been developed to cover both traditional printing and Internet communication. The system is capable of providing chemical documents as PostScript files of high quality. The PostScript files can be converted into PDF files, which serves as a key to cover both of the fields, where more elaborate stereochemical expressions such as wedged bonds are available.
  • ITO Kei, TANAKA Nobuya, FUJITA Shinsaku
    2005 年 4 巻 2 号 p. 79-88
    発行日: 2005年
    公開日: 2005/07/12
    ジャーナル フリー
    The XyM2Mol system, which consists of the XyM2Mol application and the XyM2Mol applet, is developed to convert XyM-notation codes into connection tables. Thereby, the structural data by XyM Notation become applicable to a wide variety of chemical applications through such connection tables.
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