Journal of Computer Chemistry, Japan
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5 巻 , 4 号
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研究論文
  • Katsuhiko SATOH
    2006 年 5 巻 4 号 p. 165-170
    発行日: 2006年
    公開日: 2007/01/09
    ジャーナル フリー
    The end-over-end rotational motion of nematic-phase molecules was examined by an isobaric-isothermal molecular-dynamics simulation for a Gay-Berne mesogenic system. The result was compared with the Meier-Saupe theory and the previous result obtained from a molecular-dynamics simulation for the same Gay-Berne model at constant volume in order to examine the influence of volume fluctuation on nematic-phase dynamics. The results from the simulation at constant pressure were closer to the theoretical value the retardation factor g||, which is the concept used to interpret reduction of the relaxation time for end-over-end rotational molecular motion, throughout the entire range of the second-rank orientational order parameter <P2> and the strength parameter of Maier-Saupe form σ than were those values for constant volume. Volume fluctuation is important in evaluating the retardation factor g||. This finding significantly increases our understanding of the role of pressure control in the simulation of slow dynamics in the liquid crystalline phase.
  • Masashi HATANAKA, Ryuichi SHIBA
    2006 年 5 巻 4 号 p. 171-176
    発行日: 2006年
    公開日: 2007/01/09
    ジャーナル フリー
    High-spin stability of non-Kekulé-type molecule triiminiummethane ion (TIM3+) is discussed using the semiempirical molecular orbital method. The triplet ground state 3A2' with a D3h geometry is predicted to lie below the Jahn-Teller distorted singlet states similar to trimethylenemethane (TMM). The lowest singlet states 1B1, 1B2 and 1A1 with C2v geometries are nearly degenerate. The spin-density distribution of the 3A2' state is calculated and the origin of the spin alignment is discussed relating to the spin-polarization rule characteristic of high-spin organic molecules. The valence bond analysis on the spin states of TIM3+ is also carried out.
  • 樋田 竜男, 内田 勝美, 石井 忠浩, 矢島 博文
    2006 年 5 巻 4 号 p. 177-184
    発行日: 2006年
    公開日: 2007/01/09
    ジャーナル フリー
    C60の30箇所の二重結合へ付加基を導入した時に得られる付加パターンを8桁の16進数(30ビットの2進数)で表現した構造IDを、区別不能な付加パターンからなるマイナー構造IDと、それらの代表構造で表されたメジャー構造IDに分類した。メジャー構造IDは構造異性体を重複無く表現する指標であり、付加パターンが同一構造か直ちに比較することができる。本研究では構造IDをSVG1.1形式で書かれたシュレーゲル図および、PDB形式で書かれた3次元座標へ変換し可視化するプログラムツールを作成し、任意の構造IDを直接可視化するためのハイパーリンクを提供する。このツールは、付加パターンをグラフィカルに定義することが可能で、この付加パターンに対応するメジャー構造IDおよび鏡像異性体のメジャー構造IDを直ちに出力することができる。また、立体障害を考慮し付加可能な反応箇所を表示し、多付加パターンを維持したままシュレーゲル図を回転させることも可能である。
  • 樋田 竜男, 内田 勝美, 石井 忠浩, 矢島 博文
    2006 年 5 巻 4 号 p. 185-200
    発行日: 2006年
    公開日: 2007/01/09
    ジャーナル フリー
    C60の30箇所の二重結合へ付加基を導入した時に得られる任意の誘導体に対するNMRスペクトルのピーク強度とピーク数を計算するプログラムツールを開発した。このツールは、一付加体がC2もしくはC2v対称である任意の構造の付加基、およびフラーレンを構成する原子に対して、区別不能な原子団を数え上げることができる。このツールにより、任意の付加基がcis-1以内に入らないケースに於いて、考えられる全誘導体のNMRスペクトルのピーク強度とピーク数のリストが求められた。また、ピーク強度を最も簡単な比であらわしたとき、区別可能なピークパターンを数え上げ、それぞれに含まれる付加パターンのリストを作成した。なお、使用した計算モデルの妥当性はbis(4-methoxyphenyl)methano[60]fullerene 2付加体のtrans-1及びe異性体の実測値を以って裏付けられた。
  • 神部 順子, 袁 えん, 長嶋 雲兵, 青山 智夫
    2006 年 5 巻 4 号 p. 201-212
    発行日: 2006年
    公開日: 2007/01/09
    ジャーナル フリー
    1994年から2002年までの東京多摩川の水質データ(Tables 3 -5)に関し,上流および中・下流を示す水質パラメータを抽出することを試みた.2000年からのデータは欠測を含み,その欠測データはもはや再測定不能である.そこで,欠測データを含むデータの解析が可能な多階層型ニューラルネットワークシミュレーション(CQSAR)法を適用した.
    水質検査項目の12種類のパラメータ(Table 2)のうち,河川の清浄度を示すパラメータとして溶存酸素(DO)と全燐(T-P)が重要であることが判った.さらに上流および中・下流の分類の検定で,第6地点を上流と中流の境界とすべきであることが判った(Table 8, Figure 4, Figure 5). DOは全領域で水質汚染が進んでいることを示している(Figure 4)が,T-Pは中流と下流で水質改善がなされていることを示した(Figure 5).
    水質汚染という観点からみると,多摩川では上流から中流域の水質の変化に比べて中流から下流域の水質変化の方が緩やかであることが判った.このことにより多摩川の水質保全には,中流域での汚染原因を取り除くことが重要であることが示唆された.
  • 村山 真一, 吉田 昼也, 青山 崇, 浦田 賢, 西垣 功一
    2006 年 5 巻 4 号 p. 213-218
    発行日: 2006年
    公開日: 2007/01/09
    ジャーナル フリー
    ペプチドのナノ秒(ns)分子動力学計算(MD)では、安定構造を得るのには遙かに不十分な計算時間であることが分かっている。にもかかわらず、新たに導入した%スティッキネスの三角マップ表示(TMR-%σ)によって、安定構造に含まれる二次構造(特にαヘリックス)のおぼろげな像が得られることが示された。%スティッキネスとは、生体高分子の動的なコンフォメーション変化を記述する目的で以前に導入された指標である。TMR-%σ表示において、ペプチド形成傾向は、マップ上にαヘリックス固有の相互作用を示すシフトした対角線ラインとして現れた。ns-MDの結果から計算されたペプチドの%σと旋回半径(Rg)の座標プロットから、ペプチドの二次構造予測に関する確率マトリクスを導出できることが示された。
  • Tsutomu YONEZAWA
    2006 年 5 巻 4 号 p. 219-226
    発行日: 2006年
    公開日: 2007/01/09
    ジャーナル フリー
    In the infrared region, an expression for the mean absorption intensity has been obtained using the Elsasser model based only on the assumption of pressure broadening. Around atmospheric pressure, however, a better interpretation of the empirical results has been found by introducing a new effect of splitting due to the pressure of the degenerate vibrational-rotational levels.
  • Tadayosi YOSHIMURA, Yoshitaka SAKASHITA
    2006 年 5 巻 4 号 p. 227-230
    発行日: 2006年
    公開日: 2007/01/09
    ジャーナル フリー
    Much information in today's information society goes through the Internet. On five senses smell information, DigiScent Inc. reported the development of the scent generator "iSmell" in 1999. But, it was never available and closed down in April 2001. We thought that the cause of the bankruptcy was smell blending. The smells are not blended in our policy. We developed a smell emitter which stored some element of the perfume. Ethanol and a cooling gel material were used in order to enable the emission of long term perfume. Using this device, we succeeded in transmitting/receiving the perfume mail. The result of this research indicates the future application of a smell emitter system via Internet.
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