Journal of Computer Chemistry, Japan
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6 巻 , 1 号
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General papers
  • 神部 順子, 青山 智夫, 山内 あい子, 長嶋 雲兵
    2007 年 6 巻 1 号 p. 1-18
    発行日: 2007年
    公開日: 2007/04/09
    ジャーナル フリー
    吉野川の水質浄化の指針を得るために,吉野川水系の上流から河口に至るまでの5種類の水質パラメータの変化を主成分分析とクラスター分析を用いて解析し,吉野川水系の上流から下流までの汚染度をみるための複合的な指標を得ることを試みた.吉野川の汚染の傾向を見るためには,少なくとも5つのパラメータほぼ同じ程度重要であった.
    吉野川は4つの河口を持つ(Figure 1)が,水質は河口からの距離とは対応しておらず(Table 5),最も河口からの距離が長い平和橋(銅山川)と河口の1つである新町川の水質汚染が進んでいることがわかった(Figure 6,Table 12).このことから,それぞれの流域の水質に影響を与えている要因を個々に探る必要があることが示唆された.
    吉野川の水質浄化のためには,このような要因の解析と総合的な環境指標に基づいた解析が重要であることがわかった.
  • Junko KAMBE, Tomoo AOYAMA, Aiko YAMAUCHI, Umpei NAGASHIMA
    2007 年 6 巻 1 号 p. 19-26
    発行日: 2007年
    公開日: 2007/04/09
    ジャーナル フリー
    Parameters as an index to efficiently assess the pollution level of the upper, middle, and lower streams of the Tamagawa (Tokyo, Japan) based on measured water quality were determined by using multivariate analysis, principal component analysis (PCA), and cluster analysis (CA) for data measured from 1994 to 2002. Missing data during 2000-2002 were estimated using a perceptron type neural network and arithmetic progression. The combination of scores for the first and second principal components obtained by PCA enabled classification of the upper, middle, and lower streams of the Tamagawa. The CA results corresponded well with the PCA results.
    Based on the score of the first principal compornent determined here, contributions to the water pollution of the middle and lower streams should be decreased to improve the water quality of the Tamagawa.
  • Takeo KONAKAHARA, Harunobu KOMATSU, Norio SAKAI, Barry GOLD
    2007 年 6 巻 1 号 p. 27-32
    発行日: 2007年
    公開日: 2007/04/09
    ジャーナル フリー
    Computational analysis of minor and major groove methidium-DNA complexes in B-form DNA 5'-d(CATCCCGGGATG) is performed for intercalation at each base pair. The most stable structure based on stabilization energies was calculated by a combination of molecular mechanics (augmented MM2) and molecular dynamics (MD) methods. When methidium intercalates from the minor groove, the phenanthridine ring is parallel to the nucleobase pairs, and the excluded site size is 6.4 Å. The stabilization is maximal when the methidium intercalates between 5'-d(CG) from the minor groove (-28.3 kcal·mol-1). Calculations using MD showed that the complex was considerably less stable when the methidium intercalated from the major groove. This result is consistent with experimental results demonstrating that the intercalation of methidium occurs from the minor groove. A plot of the calculated stabilization energy vs. the logarithm of the binding constant of ethidium bromide with each dinucleotide affords a linear relationship.
  • 前田 紘輔, SCHUG Alexander, 渡邉 博文, 福澤 薫, 望月 祐志, 中野 達也, 田中 成典
    2007 年 6 巻 1 号 p. 33-46
    発行日: 2007年
    公開日: 2007/04/09
    ジャーナル フリー
    エストロゲン受容体とエストラジオールとの結合に関する分子メカニズムを解明することを目的とし、エストロゲン受容体にコンピュータ上でアミノ酸変異を導入して、エストラジオールとの結合能をフラグメント分子軌道法を用いて評価した。アミノ酸変異の導入方法の妥当性を検討するために、実験で用いられたのと同じアミノ酸変異を導入して、結合エネルギーを評価し、実験データと比較した。その結果、6種類のアミノ酸変異のうち、3つは定性的に一致し、残り3つは不一致となった。それらの結果の原因を検討した。
  • 樋田 竜男, 内田 勝美, 石井 忠浩, 矢島 博文
    2007 年 6 巻 1 号 p. 47-58
    発行日: 2007年
    公開日: 2007/04/09
    ジャーナル フリー
    本研究ではフラーレン誘導体の家系図である構造発展図を用い目標構造の前駆体や誘導体をふるいわけるためのソフトウェアツールを開発した。これを利用した新規探査戦略:円錐積絞込法を用い、サッカーボール型フラーレンC60の多付加体の効率的な合成経路探索を行ったところ、Th対称6付加体は2つの2付加体eおよびtrans-1異性体の双方から合成される唯一の6付加体であること、D3対称の6付加体は3付加体0x0200 0081 から合成される唯一の6付加体であること、その3付加体は3つの2付加体e, trans-3, trans-2異性体から合成される唯一の3付加体であること、D3d対称の6付加体は 3付加体0x0001 2001 から合成される唯一の6付加体であることが解った。
  • Shinsaku FUJITA
    2007 年 6 巻 1 号 p. 59-72
    発行日: 2007年
    公開日: 2007/04/09
    ジャーナル フリー
    Monosubstituted alkanes as stereoisomers, not as constitutional isomers, are regarded as planted three-dimensional (3D) trees, which are defined as a 3D extension of planted trees (graphs). They are thus recognized as 3D-objects (planted promolecules) and enumerated by Fujita's proligand method (Fujita S (2005) Theor. Chem. Acc. 113:73–79, 113:80–86, Fujita S (2006) Theor. Chem. Acc. 115:37–53). By starting from three kinds of sphericity indices, i.e., ad for homospheric cycles, cd for enantiospheric cycles, and bd for hemispheric cycles, cycle indices with chirality fittingness (CI-CFs) are obtained to enumerate planted 3D-trees or equivalently monosubstituted alkanes as stereoisomers. Functional equations a(x), c(x2), and b(x) for recursive calculations are derived from the CI-CFs and programmed in three ways by means of the Maple programming language. The three recursive procedures for calculating the numbers of planted 3D-trees are executed to give identical results, which are collected up to 100 carbon content in a tabular form. The results are compared with the enumeration of planted trees (as graphs).
  • Shinsaku FUJITA
    2007 年 6 巻 1 号 p. 73-90
    発行日: 2007年
    公開日: 2007/04/09
    ジャーナル フリー
    Monosubstituted alkanes are counted as stereoisomers by means of Fujita's proligand method (Fujita S (2005) Theor. Chem. Acc. 113:73-79, 113:80-86, Fujita S (2006) Theor. Chem. Acc. 115:37-53), where the numbers of primary, secondary, and tertiary ones are calculated after deriving respective functional equations. The procedures of counting are programmed by means of the Maple programming language. They are executed and the results collected up to carbon content 100 in a tabular form. By omitting the sphericities of the recursive functions a(x), c(x2), and b(x) so as to give a single dummy variable r(x), such functional equations with sphericity are transformed into Pólya's functional equations without sphericity, which are applied to the enumeration of primary, secondary, and tertiary monosubstituted alkanes as graphs (chemically, constitutional isomers). The results of Fujita's proligand method are compared with those based on Pólya's theorem in connection with several cases of pseudoasymmetry.
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