Journal of Computer Chemistry, Japan
検索
OR
閲覧
検索
9 巻 , 4 号
選択された号の論文の8件中1~8を表示しています
    • |<
    • <
    • 1
    • >
    • >|
巻頭言
ハイライト
研究論文
  • 河合 健太郎, 高橋 由雅
    9 巻 (2010) 4 号 p. 167-176
    公開日: 2010/10/01
    [早期公開] 公開日: 2010/07/21
    ジャーナル フリー
    本研究では高血圧治療薬を例に, 化学構造のトポロジカルフラグメントスペクトル (TFS) を入力シグナルとしたサポートベクターマシン (TFS/SVM) による薬物活性クラス分類のバーチャルスクリーニングへの適応可能性を評価した. ここでは, 実用的見地からの評価をねらいとし, リリース年が異なる二つのMDDRデータベース (2001年版および2003年版) を用いた. 初めに, 2001年版のデータベースから取得したデータ集合 (訓練集合, 検定集合, 内部予測集合) をもとにモデルを構築し, その分類学習能力を検証した. モデルの構築に際しては作用機序が異なる種々の高血圧治療薬9503化合物に加え, 多数の負例化合物 (66521化合物) を用いて学習•検定•予測実験を試みた. その結果, 作用機序に関するクラスへの帰属を含め, 高血圧治療薬活性の有無を精度よく学習•識別できることが示された. 次に, 2001年版と2003年版の差分データを抽出し, 19387化合物 (高血圧治療薬396化合物, その他18991化合物) を外部予測集合としてバーチャルスクリーニングを実施した. その結果, これらが完全な外部集合であるにもかかわらず, 高血圧治療薬活性を有する化合物中158化合物の活性を正しく予測することができた.
    抄録全体を表示
  • 長岡 伸一, 寺前 裕之, 長嶋 雲兵
    9 巻 (2010) 4 号 p. 177-182
    公開日: 2010/10/01
    [早期公開] 公開日: 2010/07/21
    ジャーナル フリー
    大学での教育においてMicrosoft Excelを用いた水素様原子の軌道の動径関数と動径分布関数及び水素分子イオン(H2+) の分子軌道や炭素の混成軌道の三次元等高線図を描画する実習を行った. 得られた等高線図の一部は多くの量子化学の教科書の図と矛盾しており, 従来の教科書の説明は誤解を招きやすいことがわかった.
    抄録全体を表示
  • Wallace KUNIN, Navid KESHAVARZIAN, Bin WANG
    9 巻 (2010) 4 号 p. 183-196
    公開日: 2010/10/01
    [早期公開] 公開日: 2010/07/31
    ジャーナル フリー
    The development of polydimethylsiloxane-based microfluidic devices with integrated controlling components has led to the translation of many bench-top biological processes to microdevice platforms. While many biomedical scientists recognize the applicability of microdevices to their research, their lack of engineering background and training in computer-aided design (CAD) makes them unable to design the desired microchips using AutoCAD software, which is the universal first step for chip fabrication. In this work, we used the .NET platform to develop a user-friendly AutoCAD add-on feature that includes the ability to create channels, loops, valves, and punches, as well as channel to loop connections, valve to channel connections, valve to loop connections, channel to channel connections, and punch to channel connections. This add-on feature greatly simplifies the process of AutoCAD drawing, which allows people not familiar with AutoCAD to easily learn to use the add-on. For testing purposes, we used the add-on to draw a series of two-layer microchips designed to synthesize luciferase using a coupled transcription-translation system with different capacities. The AutoCAD files for the microfluidic designs were then sent to the Stanford Microfluidics Foundry for chip fabrication. Our results show that the quantity of luciferase produced on the chip is proportional to the capacity of the reaction loop.
    抄録全体を表示
  • Mitsuhiro KANAZAWA, Hisae ANYOJI, Hsiao-kun TU, Umpei NAGASHIMA, Atsus ...
    9 巻 (2010) 4 号 p. 197-204
    公開日: 2010/10/01
    [早期公開] 公開日: 2010/09/03
    ジャーナル フリー
    Recently, significant improvements have been shown in proteomics, an analytical technology recognized as a method to discover biomarkers. Several methods for proteome differential display have been developed to discover biomarkers, and these are based on labeling methods such as ICAT™ reagent. These labeling methods are not easily able to detect biomarkers in complex biological samples, and they have several issues such as the limitation of the modification site and the production of artificial errors. We therefore developed a computational quantitative proteomic analysis system i-OPAL (internal standard guided Optimal Profile ALignment) based on LC-MS measurements for biomarker discovery. This system can provide extensive quantitative analysis because it does not involve any artificial labels that might cause sampling bias and limitation of quantifiable proteins.
    抄録全体を表示
  • 本田 数博, 森 義仁, 寺前 裕之, 長嶋 雲兵
    9 巻 (2010) 4 号 p. 205-210
    公開日: 2010/10/01
    [早期公開] 公開日: 2010/09/03
    ジャーナル フリー
    常識的には反応が進行しないか抑制されると考えられる水溶液の凍結過程および巨視的な氷固相内における酸化•還元反応の例として,ヨウ化物イオン酸性水溶液の凍結によるヨウ素I2生成反応を取り上げ,その反応メカニズムを分子力学法を用いて解析した.ヨウ化物イオン酸性水溶液を用いたI2生成反応は,Iのみを溶解した酸性水溶液では,溶液条件下において100 °Cに加熱したとしても反応は起こらない.ところが,水溶液の凍結過程および巨視的な氷固相内においてI2生成反応が進行することを実験的に示した.I2生成反応は酸化剤の共存しない暗条件下において進行した.これは,水溶液の凍結過程および巨視的な氷固相内においてI →I • +e およびI • +I • →I2 のような反応が促進されていることを示している.この反応メカニズムを解析するために分子力学法(Amber potential)でヨウ素2原子と水30分子の系の構造最適化を行った.初期状態は水の内部にヨウ素原子が存在する構造を仮定したが,最適化された構造は,水クラスターの表面にIがある構造となった.温度が低いとエンタルピーの寄与がエントロピーの寄与より大きくなり,水溶液系では水分子が形成する水素結合数の最大化がなされることにより,溶媒である水の結晶化が実現される.そのため,イオン等の溶質が系の外部に押し出され,I2の表面析出が促進されることが判った.
    抄録全体を表示
技術論文
  • 西田 貴裕, 滝山 博志, 山崎 康夫
    9 巻 (2010) 4 号 p. 211-218
    公開日: 2010/10/01
    [早期公開] 公開日: 2010/09/10
    ジャーナル フリー
    化学工業での晶析プロセスの解析を行うために, 設計理論をもとにして, 表計算ソフトウェアMicrosoft Excelを用いた晶析操作特性因子の決定を行なうためのツールを開発した. 本ツールを用いて, 晶析現象の基本となる核発生速度および線成長速度を求め, 実プラントの2製品の晶析プロセスの経月変化とスタートアップを解析した. その結果, 製品X (硫酸化合物)では, ほぼ安定して結晶製品を製造できていることがわかった. 一方,スタートアップの解析を行なった製品Y (リン酸化合物)では, スタートアップ時の晶析現象を把握することができた. このように, 本ツールは晶析プロセスの操業データの蓄積および解析に有効であることが分かった.
    抄録全体を表示
    • |<
    • <
    • 1
    • >
    • >|
feedback
Top