Journal of Computer Chemistry, Japan
Online ISSN : 1347-3824
Print ISSN : 1347-1767
早期公開論文
早期公開論文の2件中1~2を表示しています
  • 新庄 永治, 奥脇 弘次, 土居 英男, 望月 祐志, 古石 誉之, 福澤 薫, 米持 悦生
    論文ID: 2018-0012
    発行日: 2018年
    [早期公開] 公開日: 2018/09/12
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    ドラッグ・デリバリー・システムにおけるナノ微粒子設計の効率化のために,分子シミュレーションによる物性予測や原子分解能のメカニズム解明が望まれている.本研究では,散逸粒子動力学 (DPD) 法とX線小角散乱を用いて,脂質二重膜および混合脂質のベシクル形成の分子メカニズムを明らかにすることを目的として検討を行った.DPDシミュレーションに用いる相互作用パラメータは,フラグメント分子軌道 (FMO) 法を用いて高精度に算定した(FMO-DPD法).脂質二重膜形成の結果から,飽和結合のみをもつリン脂質 (DPPC) よりも不飽和結合をもつリン脂質 (DOPC) の方が,膜流動性が高いことが分かった.さらに,リン脂質と正電荷脂質を混合したベシクルの形成では,正電荷脂質の比率が増えるにつれて膜の流動性が高くなり,球から扁平球へと形状が変化することが明らかとなった.

  • 桂樹 哲雄, 金谷 重彦, 高橋 由雅
    論文ID: 2017-0049
    発行日: 2018年
    [早期公開] 公開日: 2018/07/20
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    本研究では,天然有機化合物を対象とした,環系骨格構造とその関連する生理活性を相互に検索することができる辞書システムNTGdic/BOC (NTG dictionary for Bioactive Organic Compounds)を開発した.NTG (Non-Terminal vertex Graph)として表される環系骨格構造に注目し,天然有機化合物データベースKNApSAcK familyに収録されている51247件の化合物の化学構造式を対象に,単純グラフ,頂点重み付きグラフなど5種類の異なるグラフ表現を用いて,延べ57867件のNTGを抽出するとともに,既知の140種類の生理活性との関連付けを行った.これらの結果は関係データベース(関係辞書)としてシステムに実装した.NTGdic/BOCでは,構造エディタを用いて作画入力したクエリ化合物の化学構造式から,利用者が指定するグラフ表現レベルでのNTGを自動的に抽出し,NTG-活性辞書を用いて,関連する生理活性を参照することができる.一方,生理活性からNTG骨格構造を検索することや,各々のNTGの由来化合物を参照することもできる.また,類似構造(または類似NTG)検索も利用可能である.

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