Journal of Chemical Software
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5 巻 , 1 号
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  • 桐山 雄一朗, 鈴木 久雄, 尾崎 成子, 矢野 敬幸, 上田 望
    1999 年 5 巻 1 号 p. 1-14
    発行日: 1999/03/15
    公開日: 2000/03/28
    ジャーナル フリー
    Javaを利用した学生との対話性の高い学習教材を試作した.教材は,World Wide Web(WWW)上に構築したクライアントTーバシステムで提供され,様々なクライアント上で学習者がより能動的に教材に参加することが可能となった.これらの教材は対話的操作性にすぐれたインタフェースや仮想現実を搭載するなど,学習者の関心をひき,導入が容易になるよう設計されている.学生が自然法則などをより感覚的に理解できることはもちろん,WWWシステムで運用できるため,学生個人の関心や学習進度に従い,関連する学習項目間を自由に行き来するような利用が可能である.このため,文系大学における自然科学講義の補習講義に十分適したものとなっている.
  • 野口 文雄, 花岡 伸樹, 浦野 靖久, 小林 秀彦, 三浦 弘
    1999 年 5 巻 1 号 p. 15-28
    発行日: 1999/03/15
    公開日: 2000/03/28
    ジャーナル フリー
    通常のパソコン結晶アプリケーションではメモリ上に結晶構造の空隙情報を蓄えていないため、空隙の数値位置座標を表示することはできない。そこで、空隙の位置および大きさを表示できるMS-Windows95/MS-WindowsNTアプリケーションを開発した。このソフトウェアによってセーブされたVRMLのテキストファイルにより、空隙の配列が高品位の3次元グラフィックで表示できる。ユ-ザ-は空隙の大きさに依存した色階調によって描かれた断面図を見ることにより、空隙の広がりを認識できる。自作の結晶データベースを用いるため、本アプリケーションの開発では、データベースエンジンを搭載したBorland社のC++ Builderを用いた。このため、上述の計算は有機・無機の結晶約3500の結晶について容易に実行できる。
  • 齋藤 あゆむ, 西垣 功一
    1999 年 5 巻 1 号 p. 29-38
    発行日: 1999/03/15
    公開日: 2000/03/28
    ジャーナル フリー
    全ゲノムショットガン配列決定法の本質を定量的にとらえ、この分野での焦眉の論争に科学的解答を与えるために、モンテカルロ法によるシミュレーション(図1)を行った。その結果、図2に関連して示されるように、ヒトゲノムのような巨大ゲノムにおいても適度な配列決定冗長度(約7)で、かつ十分満足しうる、エラー率(10-4以下)、経費および速度で配列決定可能であることが推定された。このとき、ゲノム全体を一つながりのものとし、配列決定を完了させるためには、ランダム過程(ショットガン)のみに依存するのは合理的でないことが示された。すなわち、ランダム過程から決定的過程(例えば、PCRリレー)への切換が必須であることが図3などを用い、議論された。その効率的切換点が決定配列分率(coverage)の関数および両過程の経費の関数として与えられた。ヒトゲノム配列決定における最適解として推定された冗長度(約7)は、中庸であり、決定配列精度にも積極的に寄与する意味があることが強調された。シミュレーション結果による冗長度は、現在までに行われてきた細菌などに関するゲノム配列決定実験結果(表1)と基本的に矛盾しなかった。また、ここで行った全ヒトゲノムショットガン戦略での経費見積りは、独立に算定したVenterらの見積りの約3倍であった。結論として、細菌の1000倍ものサイズをもつヒトゲノムについても、全ゲノムショットガン法は有効であると推定された。
  • 宇野 健, 林 治尚, 山名 一成, 中野 英彦
    1999 年 5 巻 1 号 p. 39-48
    発行日: 1999/03/05
    公開日: 2000/03/28
    ジャーナル フリー
    タンパク質立体構造表示プログラムであるModrast-Pをベースにし,分子設計に広く用いられている生体高分子向け分子動力学計算パッケージ,AMBERの実行支援プログラムを作成した.本プログラムには,AMBERの入力ファイル作成支援,計算する分子の初期構造作成,そして分子動力学シミュレーション結果のデータ処理機能として,アニメーションなどの機能がある.本プログラムは,ワークステーション上で作動し,OPENLOOK等のXツールキットを一切使用していないため,殆どのワークステーションまたはFreeBSD等のPC-UINXがインストールされているパーソナルコンピュータで利用する事が可能となっている.そして本プログラムを用い,糖部2'位を化学修飾したDNAの構造についての分子動力学シミュレーションを実行した.
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