分子動力学シミュレーションは、生体高分子の構造・物性・機能相関の研究に有用であることが一般に認められている。本総説では、筆者らが開発した生体分子解析用ソフトウェアPEACH（Program for Energetic Analysis of bioChemical molecules）を使って、タンパク質とDNAの分子動力学シミュレーションを行う場合の手続きを、実践的に解説する。

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原子軌道関数は, r, θ, φを極座標とするとき, 原子核からの距離rのみに依存する動径部分R_n,l(r)と,角部分Y_l,m(θ, φ)の積で表される．角度θ, φのみに依存する角部分は, 球面調和関数としてY_l,m(θ, φ)= Θ_l,m(θ)Φ_m(φ).の式で表わすことができる．角部分には, 波動関数の対称性に関する情報が全て含まれるため, 重要である．われわれは, AVS (Application Visualization System)というソフトウェアの等値曲面表示技術を用いて，原子軌道の角部分の数式を可視化する新しい方法を研究した. 本方法では, Y_l,m(θ, φ)・rはデカルト座標の[(x, y, z)系]に変換可能であることに注目し, Y_l,m(θ, φ) /r(x, y, z)の値を, 40×40×40の格子点に対して求めて, その等値曲面を描くことで,角部分表示を実現する．本研究では, Y_0,0(θ, φ), Y_1,0(θ, φ), Y_1,±1(θ, φ), Y_2,0(θ, φ), Y_2,±1(θ, φ), Y_2,±2(θ, φ)について,３次元の角部分の数式を可視化し, これまでと同等の表示が得られることを確認した．また, 本方法は４次元を超える原子軌道の角部分の可視化にも適用でき, 拡張性が高いことを確認した．

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