The human gastrointestinal tract (GI-tract) is heavily colonized by a multitude of microbes, collectively called the microbiota. The microbiota provide us with metabolic capabilities not encoded in the human genome, e.g. the ability to utilize energy stored in dietary polysaccharides otherwise indigestible to us. Our microbiota also protects us against pathogens by competing for nutrients and binding sites within the GI-tract. Furthermore, given that cells of the GI-tract microbiota outnumber those of the host by ten-fold, this microbial ecosystem can be viewed as ‘an organ in an organ'. The GI-tract microbiota has been a subject of intensive research during the last years, and its importance in health and disease is only starting to be realized because of recent breakthrough observations linking the human microbiota composition with major human diseases, such as diabetes and obesity. As the knowledge about the GI-tract microbiota composition and its impact on host health begins to accumulate, undoubtedly much of the research focus will shift from the systems level toward individual species and molecules. Consequently, there will be an increasing need for reductionist/functional proteomic approaches to identify and characterize the various ‘molecular players' being utilized by different bacteria during their attachment to the intestinal epithelium of both healthy and diseased hosts. In this review we will highlight our recent findings about mucus adhesion mechanisms of the paradigm probiotic Lactobacillus rhamnosus GG.

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1990 年代に入り、16S rRNA 遺伝子の塩基配列に基づく分子系統解析が細菌の分類に適用され、乳酸菌の系統関係の全体像が解明された。これにより、我々がこれまで乳酸菌とみなしてきた細菌の殆どはLactobacillales 目に含まれることが明らかになった。本目は2009 年の時点で6 科33 属を数え、この中には既知属より独立した属に加え、多くの新規に分離・提案された属が含まれる。本稿では、現在までの乳酸菌の分類学的位置付けの変遷を整理し、多くの新規分類群で構成される2 つの科（Carnobacteriaceae、Aerococaceae）に焦点をあて、その構成属の特徴について概説する。

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16S rRNA遺伝子配列解析に基づくピロシークェンス法は、腸内細菌叢の群集構造をシークェンスレベルでプロファイル化できる点で非常に有用である。この系では、細菌の16S rRNA遺伝子を網羅的かつ偏りなく増幅させ、かつその断片から有効的に系統分類情報が得られるユニバーサルプライマーと、得られたバッチシークェンスデータを菌叢データに忠実に変換するアルゴリズムの設計が重要である。本稿では、その現状と問題点を中心に議論する。

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JCM（Japan Collection of Microorganisms）は1980 年に発足し、微生物株の収集、保存、提供事業を推進している。本総説では、研究に必要な微生物株の入手法、新種の提案、新種を提案する際の菌株の寄託方法について情報を提供する。

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生物多様性条約が1993 年に発効し、各国の生物遺伝資源の管轄権はその国に帰属する事が明文化された。海外の生物遺伝資源の利用においては、最初に、生物遺伝資源提供国から「事前の情報に基づく同意（Prior Informed Consent: PIC）」を得る事が必要であり、続いて、生物遺伝資源提供者と「相互に合意する条件（Mutually Agreed Terms: MAT）」を締結する事になる。本稿では、生物多様性条約の特にアクセスと利益配分について概説するとともに、NITE とモンゴルとの微生物探索プロジェクトを例に、海外の生物遺伝資源へのアクセス方法を考察する。さらに、利益配分や伝統的知識の考え方、名古屋議定書の影響についても考えてみたい。

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