日本乳酸菌学会誌
Online ISSN : 2186-5833
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ISSN-L : 1343-327X
25 巻 , 3 号
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総説
  • 田代 幸寛, 園元 謙二
    2014 年 25 巻 3 号 p. 155-165
    発行日: 2014/11/15
    公開日: 2015/01/06
    ジャーナル フリー
    『バイオリファイナリー』は再生可能なバイオマスを原料とした有用微生物によるバイオ燃料や化学品の製造に関する技術であり、省エネルギー型・環境調和型プロセスとしてますます脚光を浴びている。適した乳酸菌を選択することにより、様々なバイオマスから乳酸(l-、d-、dl- 体)や酢酸などの有機酸を生産することができる。我々は乳酸菌を用いた乳酸発酵によるバイオマスのカスケード利用を提唱し、乳酸発酵産物から種々の有用物質へ変換する環境調和型新産業体系『Lactate Industry』の実現を目指している。一方、賦存量が大きく安定供給可能なリグノセルロース系バイオマスを発酵原料に利用するには、いくつもの重大な課題を克服しなければならない。これまでに、我々は新奇な優秀乳酸菌のスクリーニング・育種から発酵・培養法の開発、さらには代謝解析等に関する研究を展開してきた。本稿では、リグノセルロース系バイオマスによるバイオリファイナリーの問題点とLactate Industry の実現に向けた戦略を概説するとともに、スーパー乳酸菌Enterococcus mundtii QU 25 を中心とする乳酸発酵に関する研究成果を紹介するとともに、『スマート発酵工学』による今後の展望を述べたい。
  • 孫 建強, 湯 敏, 西岡 輔, 清水 謙多郎, 門田 幸二
    2014 年 25 巻 3 号 p. 166-174
    発行日: 2014/11/15
    公開日: 2015/01/06
    ジャーナル フリー
    実験系研究者が普段利用するWindows やMacintosh のPC 環境はGUI 環境と呼ばれ、マウス操作などで直観的な利用が可能である。一方、バイオインフォマティクス系研究者が普段利用するデータ解析環境は、コマンドライン環境である。次世代シーケンサー(以下、NGS)データ解析用プログラムの多くはLinux 上で動作し、コマンドライン環境での利用を想定している。それゆえ、コマンドライン環境に慣れ、基本的なコマンドを使いこなせるようになることがNGS データを自在に解析するための前提条件といえる。連載第2 回では、Windows およびMacintosh 付属のコマンドライン環境(コマンドプロンプトおよびターミナル)での基本的な操作をGUI 環境と対比させながら示し、最低限必要だと思われるコマンドや概念を解説する。前回同様、ウェブサイト(R で)塩基配列解析(URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html)中に本連載で述べるリンク先を掲載してあるので効率的に活用してほしい。
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