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  • 標題: 二次元電気泳動

検索結果 31件

31件の検索結果より1~20件を表示しています。
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アガロースゲル二次元電気泳動の新技術
53-55
二次元電気泳動画像解析ソフトcancerd2の開発
59-61
疾患プロテオミクスと蛍光ディファレンスゲル二次元電気泳動
155-163
Proteomic study is an effective approach in the disease research, because proteomic aberrations should exist behind any type of diseases and it is proteome that directly regulate the disease phenotypes. Two-dimensional difference gel electrophoresis (2D-DIGE) is a high performance proteomic technology. Although it is based on two-dimensional gel electrophoresis (2D-PAGE), owing to its multiplex detection system, it solves many drawbacks of classical 2D-PAGE. 2D-DIGE allows obtain the quantitative protein expression profiles across many clinical specimens in a reproducible and high-throughout manner. 2D-DIGE with high sensitive fluorescent dyes enables the proteomic study on the laser microdissected tissues, and thus accurate proteomics can be achieved using 2D-DIGE. Mass spectrometry can identify the proteins corresponding to any spots observed by 2D-DIGE and we can utilize the gene and literature database to interpret the proteomic data. Bioinformatic approach can determine the proteomic signatures responsible for the important clinico-pathological features and identify a small number of key proteins, which will be candidates for disease markers and therapeutic targets. Combination between 2D-DIGE, mass spectrometry and bioinformatics approach will be a powerful tool for disease proteomics. The efforts to understand the overall feature of proteome by bioinformatics approach to 2D-DIGE data, together with the integrated information of the individual proteins identified by 2D-DIGE, will give us novel molecular backgrounds of the diseases. The proteome database should facilitate the use of the wealth of abundant information. The data integration between genome, transcriptome and proteome is also important approach to understand the background of proteomic aberrations in diseases.
  
O'Farrell の二次元電気泳動法
307-315
蛍光二次元電気泳動法を用いたがんのバイオマーカー開発
46-48
全自動二次元電気泳動装置の開発と融合プロテオミクスへの応用
  • 荒木 令江, 南部(新堀) 晶子, 西村 宗徳, 緑川 宇一, 小林 大樹
  • 生物物理化学
  • Vol. 58 (2014) No. 2
  • 公開日: 2014年10月31日
39-42
固定化pH勾配ゲルストリップを用いた二次元電気泳動
169-172
ヒトCu, Zn型スーパーオキサイドジスムターゼの二次元電気泳動法的解析
  • 柴田 太, 荻田 善一
  • 生物物理化学
  • Vol. 32 (1988) No. 1
  • 公開日: 2009年03月31日
27-31
我々は3種類の電気泳動法, すなわち, 等電点電気泳動法, ポリアクリルアミドゲル電気泳動法, SDSポリアクリルアミドゲル電気泳動法を組み合わせた投影二次元電気泳動法を考案し, これを用いてヒトCu, Zn型スーパーオキサイドジスムターゼ (SOD) アイソザイムを解析した。ヒトCu, Zn型SODは等電点の異なる5種のアイソザイムに分離された。これらのアイソザイムは, 非変性条件下の二次元電気泳動法により, それぞれ2~3個のスポット, 総数11個のスポットに分離された。一種類のアイソザイムから分離されるスポットのそれぞれは, 熱処理によって同一アイソザイムの他のスポットを生成することから, 異性体であると考えられる。投影二次元電気泳動法により, これらのアイソザイム, および異性体は同一の分子量(15.5kDa) を有するサブユニットから成っていることが明らかとなった。以上の結果から, これらのアイソザイムは荷電状態の差によって分離されたものであり, もとは一種類のポリペプチド鎖が後成的修飾を受けた結果生成されたものであると推定される。
  
蛍光二次元電気泳動法を用いた骨軟部肉腫の個別化医療のためのバイオマーカー開発
  • 窪田 大介, 末原 義之, 菊田 一貴, 金子 和夫, 川井 章, 近藤 格
  • 生物物理化学
  • Vol. 56 (2012) No. 1
  • 公開日: 2012年08月30日
25-29
骨軟部肉腫は,骨や筋肉などの間質より発生する悪性腫瘍である.小児や若年成人に発生し予後不良な転機をたどることが多く,予後改善のための研究は臨床的に重要である.また骨軟部肉腫は病理学的に50種類以上の組織型に複雑に分類されている.組織型によって予後や治療感受性が異なるため,骨軟部肉腫の治療成績改善のためには鑑別診断や予後予測,治療奏効性予測などのバイオマーカーの開発が必要である.我々は,主に蛍光二次元電気泳動法を用いて,骨軟部肉腫のタンパク質発現を網羅的に解析し,臨床応用を目指したバイオマーカーの開発を行っている.本稿では,消化管間質腫瘍の予後予測マーカーの開発とその発現検証試験の成果,および骨肉腫の化学療法奏効性予測マーカーの開発について紹介する.これらのバイオマーカーにより新たな治療戦略の策定および個別化医療の推進が可能となり,患者のQOL・治療成績改善に大きく寄与する事が期待される.
  
蛍光ディファレンスゲル二次元電気泳動による糖尿病病態解析
  • 山下 亮, 鏑木 康志
  • 生物物理化学
  • Vol. 50 (2006) No. 3Special
  • 公開日: 2009年03月31日
193-200
Two-dimensional differential in-gel electrophoresis technology (2D DIGE) technique is highly useful for differential analysis of protein spots in two-dimensional differential gels. Utilizing this technique, we attempted to search for diabetes-related drug targets and biomarkers. In human hepatoma cell line, HepG2, we analyzed secretome in the presence or absence of a Liver X receptor agonist, TO-901317, and identified one of the up-regulated proteins in response to LXR activation as apolipoprotein E. We also evaluated nuclear proteome of cultured cells overexpressing insulin receptor substrate proteins, in which insulin-stimulated cell cycle progression is differentially regulated, and the gel pattern indicated that insulin-induced phosphorylation of a nuclear protein may be impaired in cells overexpressing cell cycle-suppressive insulin receptor substrate-3. In addition, to search for urinary markers of diabetic nephropathy using 2D DIGE, we analyzed urine samples in which most abundant proteins were removed by immunoaffinity depletion. These findings indicate that the 2D DIGE-based approach is useful for the discovery of disease-specific drug targets and diagnostic biomarkers.
  
179-185
Recent advances on analytical technology of proteomics offer exciting opportunities to find novel and multiple biomarkers. Among proteomic procedures for differential analysis developed until today, two-dimensional differential gel electrophoresis (2D-DIGE) is one of the most useful techniques on analyzing the proteins containing their modified forms. Using this 2D-DIGE, we carried out a search for the disease-associated proteins linking to the potential diagnostic biomarkers for a highly malignant type in human ovarian cancer, clear cell adenocarcinoma (CCA).
In this study, we first performed a differential analysis using human ovarian cultured cell lines OVISE and OVTOKO as CCA cell lines in comparison with MCAS as a control cell line. Then the proteins characteristically expressed in CCA cell lines were identified by mass spectrometry. As a result of this analysis, some of the identified proteins were previously observed as alternative expression levels in ovarian and/or other cancers in clinical samples. In a subsequent preliminary differential study using surgical specimens from patients with CCA, it was demonstrated that some of the identified proteins were expressed differentially in actual tissues as well as in the CCA culture cells. The results from this investigation show the effectiveness of a proteomic approach to identify expressed proteins that are characteristic for particular cancers, which may eventually serve as diagnostic markers or therapeutic targets in CCA.
  
二次元電気泳動における難溶性タンパク質の試料調製法
  • 亀山 一央, 戸田 年総
  • 生物物理化学
  • Vol. 48 (2004) No. 2
  • 公開日: 2009年03月31日
71-73
Protein sample for two-dimensional electrophoresis (2-DE) is conventionally extracted in a buffer containing urea and non-ionic detergent. However, poorly soluble proteins are hardly introduced to the first-dimensional isoelectric focusing (IEF) under the conventional denaturing condition. Moreover, some kinds of tissues and organs contain extraordinary amount of proteases and phosphatases, which reduce the reproducibility in two-dimensional protein profiling. Various kinds of detergents have been tested to solve the problem, and consequently sodium dodecyl sulfate (SDS) is realized as the best detergent because of its high solubilizing capacity. However, sample solution containing a high concentration of SDS can not be directly applicable to 2-DE because the anionic detergent disturbs the formation of stable pH gradient in the first-dimensional IEF. Therefore, it has been considered that buffer exchange is necessary to reduce SDS concentration in the sample solutions. And then, acetone and trichloroacetic acid (TCA) have been adopted for precipitation of proteins in SDS-containing samples. However, some of proteins precipitated in acetone or TCA are hardly re-solubilized in a 2-DE sample buffer. In this paper, ultra-filtration (UF) membrane was used for the buffer exchange without protein insolubilization. Consequently, proteins of high molecular weight were successfully detected on 2-DE gels when proteins were extracted in the SDS-containing buffer and treated with UF membrane to reduce the concentration of SDS prior to IEF. These results indicate that the protein extraction in SDS-containing buffer and subsequent buffer exchange using UF membrane are useful for 2-DE of poorly soluble proteins.
  
哺乳動物における乳タンパク質成分の二次元電気泳動像
  • 大谷 絵美, 平山 博樹, 横濱 道成
  • 生物物理化学
  • Vol. 48 (2004) No. 1
  • 公開日: 2009年03月31日
41-43
Cattle milk proteins are composed of casein components (Cn) such as α, β and κ-Cn, and whey components such as β-lactoglobulin (Lg). These milk protein components were separated by two-dimensional electrophoresis and compared with the separation patterns of yak, goat, sheep, deer, camel, llama, pig, horse and human milk. Based on our results, cattle and yak, goat and sheep, and camel and llama had very similar patterns, respectively.
As for components like β-Lg in deer, were separated at the same location as that of cattle, components like α- and β-Cn resembled the patterns of goat and sheep. Also, the separation patterns of κ-Cn were divided into two groups: animals (cattle, yak, goat, sheep and llama) whose milk separated near pI6.3, and animals (deer, horse and human) whose milk separated near pI6.9.
  
高解像度ラージゲルを用いた二次元電気泳動法による細胞内発現タンパク質の網羅的検出
  • 勝田 和大, 野村 英子, 稲垣 直之
  • 生物物理化学
  • Vol. 47 (2003) No. 1-2
  • 公開日: 2009年03月31日
27-31
A fundamental concern about proteomics is improving the coverage of detection of a cellular proteome using our technology. In the case of two-dimensional gel electrophoresis (2-DE), a core technology of proteomics, enlargement of the gel size appears a straightforward and effective strategy for increasing the number of detected proteins. We utilized fourteen large 2-DE gels (twelve 24cm×7cm gels) which were assembled into a 93cm×103cm cybergel. Our data suggested that the cyber gel can display more than 11, 000 protein spots expressed in a 1-105 dynamic range in cells.
  
ヒト精漿蛋白の二次元電気泳動法による分析 (第3報)
  • 吉田 宏, 小野 政孝, 山内 春夫
  • 生物物理化学
  • Vol. 35 (1991) No. 1
  • 公開日: 2009年03月31日
11-14
従来の二次元電気泳動を改良したデュアルミクロ二次元電気泳動と名づけた方法で, 精漿蛋白について泳動を行い, クマシー染色したゲルについて市販のレーザー画像処理装置により画像解析を行った. デュアルミクロ二次元電気泳動は, 一次元目で泳動した二つの試料を二次元目の濃度勾配ゲル1枚で泳動し, 染色するため, 泳動および染色条件が同一となり, 異なる二つの試料のスポットの比較や画像解析が容易であった.
精漿蛋白の画像解析の結果, pI 5.7, MW5Kに位置するスポットの濃度は4.4%と測定された. また, このスポットについてアミノ酸分析を行った.
  
ヒト精漿蛋白の二次元電気泳動法による分析 (第2報)
  • 吉田 宏, 小野 政孝, 真鍋 敬, 奥山 典生
  • 生物物理化学
  • Vol. 33 (1989) No. 3
  • 公開日: 2009年03月31日
119-124
ミクロ二次元電気泳動法により, 精漿蛋白を約80個のスポットに分離し, 電気転写と酵素抗体ABC法により, 精漿の蛋白スポットを高感度に同定した. 免疫染色のための一次抗血清は, 凝固因子, 蛋白分解酵素および補体などに関係する計54種類の抗血清を用い, 得られた結果から, 二次元電気泳動法による精漿蛋白のペプチドマップを作成した.
この同定したスポットには, 従来, 精漿中には含有されていないとされている Prothrombin, Factor-12および Plasminogen など凝固に関係する因子が含まれていた. 今後, 精液の凝固液化の機序を解明するうえでも, 二次元電気泳動法は有力な方法と言える.