鳥類の起源を巡る論争は，シソチョウArchaeopteryxの発見以来長期にわたって続けられてきている．鳥類は現生動物ではワニ目に最も近縁であることは古くから認められてきていたが，その直接の祖先としては翼竜類やワニ目，槽歯類，鳥盤類恐竜，獣脚類恐竜など様々な分類群が提案されてきている．獣脚類恐竜は叉骨，掌骨や肩，後肢の骨学的特徴，気嚢など鳥と多くの特徴を共有しており，鳥類に最も近縁と考えられてきている．最近では羽毛恐竜の発見や化石に含まれるアミノ酸配列の分子生物学的な系統解析の結果，発生学的に証明された指骨の相同性，などの証拠もそろい，鳥類の起源は獣脚類のコエルロサウルス類のマニラプトル類に起源を持つと考えることについて一定の合意に至っている．一般に恐竜は白亜紀末に絶滅したと言われてきているが，鳥類は系統学的には恐竜の一部であり，古生物学の世界では恐竜は絶滅していないという考え方が主流となってきている．このため最近では，鳥類は鳥類型恐竜，鳥類以外の従来の恐竜は非鳥類型恐竜と呼ばれる．
　羽毛恐竜の発見は，最近の古生物学の中でも特に注目されている話題の一つである．マニラプトル類を含むコエルロサウルス類では，正羽を持つ無飛翔性羽毛恐竜が多数発見されており，鳥類との系統関係を補強する証拠の一つとなっている．また，フィラメント状の原羽毛は鳥類の直接の祖先とは異なる系統の鳥盤類恐竜からも見つかっており，最近では多くの恐竜が羽毛を持っていた可能性が指摘されている．また，オルニトミモサウルス類のオルニトミムスOrnithomimus edmontonicusは無飛翔性だが翼を持っていたことが示されている．二足歩行，気嚢，叉骨，羽毛，翼などは飛行と強い関係のある現生鳥類の特徴だが，これらは祖先的な無飛翔性の恐竜が飛翔と無関係に獲得していた前適応的な形質であると言える．これに対して，竜骨突起が発達した胸骨や尾端骨で形成された尾，歯のない嘴などは，鳥類が飛翔性とともに獲得してきた特徴である．
　鳥類と恐竜の関係が明らかになることで，現生鳥類の研究から得られた成果が恐竜研究に活用され，また恐竜研究による成果が現生鳥類の理解に貢献してきた．今後，鳥類学と恐竜学が協働することにより，両者の研究がさらに発展することが期待される．

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