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全文: "ハプロタイプ"
2,422件中 1-20の結果を表示しています
  • 佐藤 由佳, 我妻 尚広, 岡本 吉弘
    日本育種学会・日本作物学会北海道談話会会報
    2009年 50 巻
    発行日: 2009年
    公開日: 2017/04/28
    会議録・要旨集 フリー
  • 横田 仁美, 我妻 尚広, 岡本 吉弘
    日本育種学会・日本作物学会北海道談話会会報
    2010年 51 巻
    発行日: 2010年
    公開日: 2017/04/28
    会議録・要旨集 フリー
  • 秋庭 満輝, 神崎 菜摘, 佐橋 憲生
    日本森林学会大会発表データベース
    2014年 125 巻 T09-02
    発行日: 2014年
    公開日: 2014/07/16
    会議録・要旨集 フリー
     マツ材線虫病の病原体であるマツノザイセンチュウが北米から日本に侵入して100年以上が経つ。日本は本病の発生の歴史が古い唯一の場所であり、そのような状況に生息するマツノザイセンチュウの遺伝的多様性については世界的に関心が高いが、それらに関する情報は少ない。本報告では、日本各地のマツノザイセンチュウの培養株230株(アイソレイト)について、2遺伝子座(ミトコンドリアCOIと核リボゾームITS)の塩基配列を決定した。COIでは12ハプロタイプが存在し、そのうちの2タイプが優占したが、両タイプとも日本全国に広く分布した。ITSでは6ハプロタイプが認められ、そのうちの2タイプが優占した。COIとITSのハプロタイプの対応は必ずしも一致しなかった。ヨーロッパの株の大部分は日本で優占しているものと同じハプロタイプであった。また、北米の株との比較結果より、COIとITSの各ハプロタイプの祖先はそれぞれ北米の別の地域から侵入したと考えられたが、侵入後に国内で分布域を拡大するにともない、各ハプロタイプ間での交配が起きたことが想定された。以上の結果は、マツノザイセンチュウの日本への複数回の侵入を強く示唆するものである。
  • 上谷 浩一
    森林科学
    2010年 60 巻 39-
    発行日: 2010/10/01
    公開日: 2017/07/07
    解説誌・一般情報誌 フリー
  • 田中 秀則, 徳永 勝士, 贄田 美江, 内川 千枝子, 伊藤 圭一, 平川 和也, 赤座 達也, 高橋 孝喜, 田所 憲治, 十字 猛夫
    日本組織適合性学会誌
    1994年 1 巻 1 号 71-72
    発行日: 1994年
    公開日: 2017/03/31
    ジャーナル フリー

    ブリヤット族のHLA,BF及びC4アロタイピング結果から,BFおよびC4の遺伝子頻度,3座位間(BF-C4A-C4B)の補体ハプロタイプ,5座位(HLA-B,BF,C4A,C4B,HLA-DR)のMHCハプロタイプ頻度を算出し,その分布の特徴について検討を行った.MHCハプロタイプの解析では,欧州の民族と関連性が推定されるタイプ(B13-BFS-C4A3-C4B1-DR7,B44-BFF-C4A3-C4B1-DR7,B50-BFS07-C4A2-C4B1+12-DR7),東北アジアの民族との関連性が推定されるタイプ(B58-BFF-C4AQ0-C4B1-DR13,B37-BFF-C4A3-C4B1-DR10)等が認められた.

  • 森田 隆
    生物物理
    1992年 32 巻 5 号 262-267
    発行日: 1992/09/25
    公開日: 2009/05/25
    ジャーナル フリー
    The mouse t haplotype is a variant of chromosome 17 with 4 inversions. The t haplotype mice are widely spread in Mus musculus subspecies in the world with high frequencies (10-43%) by transmission ratio distortion. The comparison of Tcp-1 intron sequences revealed that the origin was 2.9 mya and the spread by introgression over the boundary of subspecies was within 0.4 myr, suggesting their dissemination with man. Most of the polymorphism of In (17) 4 as well as lethality factors are thus supposed to be derived by rare recombination events after the introgression to respective M. musculus subspecies.
  • 津田 祥吾, 並川 寛司, 北村 系子, 松井 哲哉
    日本森林学会大会発表データベース
    2014年 125 巻 P1-081
    発行日: 2014年
    公開日: 2014/07/16
    会議録・要旨集 フリー
     北海道渡島半島の西側に位置する奥尻島は,日本海側の島嶼におけるブナの北限である。また,対岸の渡島半島には,北限である黒松内低地帯までブナ林が広く分布する。本研究は,地理的な分布変遷の良い指標である葉緑体(以後cpと略す)DNA変異の地理的分布を示すことにより,奥尻島のブナの由来を明らかにすることを目的に行った。奥尻島(7集団)と渡島半島(5集団),計12集団から採取した葉を用いcpDNA変異をSNPs法を用い解析した結果二つのハプロタイプAとBが得られ,これらはFujii et al(2002)のハプロタイプAとBに相当した。得られた資料にKitamura et al.(2010)の資料を加え地理的分布を検討した結果,奥尻島の中央部から北西側にかけてハプロタイプBが,南東側の一部にハプロタイプAが分布していた。また,渡島半島では主としてハプロタイプAが広く分布し,一部にBが分布していた。ハプロタイプAは渡島半島から東北地方日本海側にかけて連続して分布するのに対し,ハプロタイプBは東北地方の北上山地および本州中部に不連続に分布することから,奥尻島のブナの一部は遺存的な集団であることが推察された。
  • 宮田 智浩, 齊藤 陽子, 黒河内 寛之, 井出 雄二
    日本森林学会大会発表データベース
    2013年 124 巻 P2-069
    発行日: 2013年
    公開日: 2013/08/20
    会議録・要旨集 フリー
    ナツツバキ属(Stewartia)はツバキ科で唯一落葉樹から構成される属で、日本にはナツツバキ・ヒメシャラ・ヒコサンヒメシャラの3種が分布する。これらのうち、ナツツバキは東北南部以南に広く分布するのに対し、ヒメシャラとヒコサンヒメシャラは神奈川県以西の太平洋側に分布が限定されている。本研究では、このような分布様式の違いや種間交雑の影響が、3種の遺伝構造にどのように反映されているかを明らかにするため、葉緑体ハプロタイプの地理的分布を調査した。

    ナツツバキ19産地(おもに北陸・中部地方)、ヒメシャラ19産地(分布域全体)、ヒコサンヒメシャラ6産地(東海・九州)の各産地1~4個体について、葉緑体DNAのpsbA-trnH領域約400bpのシーケンスを行った。1か所のモノヌクレオチド・リピートを除いて各個体のハプロタイプを決定した結果、全体で7つのハプロタイプが検出された。ハプロタイプの地理的な分布は、3種いずれもランダムなものではなく、地理的な構造がみられた。7つのハプロタイプのうち3つは種間で共有され、一部で同所的な共有もみられたことから、浸透交雑の可能性も示唆された。
  • 石田 光, 我妻 尚広, 岡本 吉弘
    日本育種学会・日本作物学会北海道談話会会報
    2013年 54 巻
    発行日: 2013年
    公開日: 2017/04/28
    会議録・要旨集 フリー
  • 伊東 時子, 我妻 尚広, 岡本 吉弘, 森 志郎
    日本緑化工学会誌
    2019年 45 巻 1 号 57-61
    発行日: 2019/08/31
    公開日: 2019/12/27
    ジャーナル フリー

    本調査では北海道でハマエンドウを地域性種苗として利用する際の移動可能範囲を検討するため,北海道に自生するハマエンドウの葉緑体ゲノムの塩基配列を解析し,遺伝変異を調査した。その結果, 種のハプロタイプが検出され,石狩市,新ひだか町と浦幌町では全個体がハプロタイプ,せたな町ではハプロタイプ: が:,奥尻町ではハプロタイプ:: が::,長万部町と雄武町ではハプロタイプ: がそれぞれ: と:,と各地域で出現するハプロタイプの種類やその出現割合に違いがみられた。北海道の主要ハプロタイプは で先行研究の北陸から東北に分布すると報告されたハプロタイプと一致することが明らかになった。

  • 山口 正男, 酒匂 崇, 上原 裕史, 岸本 浩
    整形外科と災害外科
    1988年 37 巻 2 号 626-628
    発行日: 1988/10/25
    公開日: 2010/02/25
    ジャーナル フリー
    The HLA typing in ten patients with ossification of the posterior longitudinal ligament (OPLL) in the cervical spine and their families was carried out to elucidate the genetic factor of OPLL onset. The HLA haplotypes were determined by segregation of the HLA phenotypes within a family. The results of the analysis of HLA haplotypes in the OPLL patients showed that there were three significant haplotypes; A24Bw52Cw-DR2DQwL associated types, A26Bw62Cw3DR5DQw3 and A26Bw62Cw3DR4DQw3 associated types. Five families had two haplotypes that were same to the haplotypes of OPLL patients and four families of them had OPLL on the radiograms. These results suggested that there were some factors of OPLL onset which were linked on HLA haplotypes.
  • 高村 健二
    魚類学雑誌
    2005年 52 巻 2 号 107-114
    発行日: 2005/11/25
    公開日: 2010/06/28
    ジャーナル フリー
    Black bass populations in Japan were examined for haplotypes of the mitochondrial DNA control region. A total of 16 haplotypes were found from specimens representing 47 Japanese populations and five in North America. Ten haplotypes were of largemouth bass, and three each of Florida bass and smallmouth bass. Three clades of largemouth bass haplotypes were identified by the maximum parsimony method, the major clade comprising seven haplotypes including those found in Iowa, Minnesota and Ontario (USA). It ispossible that the haplotypes of this clade in Japan originated from the introduction of fish from Minnesota and Pennsylvania in 1972. One of the remaining clades, comprising a single haplotype and found throughout Japan, may have originated from the introduction of cultured fish from California in 1925. All of the seven largemouth bass haplotypes found in Japan were found in Lake Yamanaka, such haplotype richness reflecting active stockings of largemouth bass from other Japanese freshwaters. Florida bass haplotypes were found only in Lake Biwa, indicating that the haplotypes could function as indicators of future invasion of black bass into other waters with the active transplantation of other commercially valuable fishes from the lake.
  • 齊藤 陽子, Ida luh Gede Nurtjajah Ningsih, 黒河内 寛之, 井出 雄二
    日本森林学会大会発表データベース
    2015年 126 巻 P2B142
    発行日: 2015年
    公開日: 2015/07/23
    会議録・要旨集 フリー
    里山は生物の生息の場として重要であるが、個々の生物種の遺伝的多様性の維持に対してどのような役割を果たしているかは分かっていない。本研究は、里山の林床に生育する虫媒鳥散布樹種ウグイスカグラの葉緑体DNAの多様性の現状を明らかにし、議論の基礎とすることを目的とした。
    埼玉県入間地域のウグイスカグラ8集団で各1~6個体、全29個体、また外群として山梨県山中湖村1集団3個体から葉を採取した。次世代シーケンサーで得たウグイスカグラ葉緑体DNAシーケンスを元に設計した3領域1552bpについてこれらの塩基配列を決定した。各個体の塩基配列を比較し、塩基置換および欠失を元にハプロタイプを決定した。また、最節約法によりハプロタイプネットワークを作成した。その結果、全部で11個のハプロタイプが検出された。ハプロタイプ1(以下Hap1)は12個体、Hap6は9個体で検出され、その他の9つのハプロタイプは各1個体でしか検出されなかった。Hap1とHap6は1塩基置換で遺伝的に近かった。外群はHap2とHap6が検出され、Hap1はなかった。1個体のみの集団を除き、すべての集団に複数のハプロタイプが存在し、本調査地ではハプロタイプの分布には地域的偏りがなかった。
  • 関口 博史, 藤野 賢治
    日本育種学会・日本作物学会北海道談話会会報
    2006年 47 巻
    発行日: 2006年
    公開日: 2017/04/28
    会議録・要旨集 フリー
  • 澤田 円, 我妻 尚広, 岡本 吉弘, 森 志郎
    日本緑化工学会誌
    2016年 42 巻 1 号 160-162
    発行日: 2016年
    公開日: 2017/01/30
    ジャーナル フリー
    本調査では遺伝的多様性に配慮した個体群保全や植生復元に向けた地理的な遺伝変異の把握のため,大雪山の旭岳姿見の池と高原温泉に自生するエゾコザクラの葉緑体ゲノム trn L(UAA)3' exon - trn F(GAA) 領域と atp B - rbc L 領域の遺伝変異の有無を調べた。その結果,旭岳姿見の池の17個体,高原温泉の14個体で塩基配列を決定できた。両領域で多型が検出され,その組み合わせから4種のハプロタイプが確認された。さらに,調査地で存在するハプロタイプやその出現割合に差があることが明らかになった。
  • 森光 由樹, 鈴木 克哉, 川本 芳
    霊長類研究 Supplement
    2014年 30 巻 B18
    発行日: 2014年
    公開日: 2014/08/28
    会議録・要旨集 フリー
    目的)孤立したニホンザルの群れは、他の群れと繁殖する機会が少なくなり、遺伝的交流が阻害され遺伝的多様性が失われていく可能性がある。ニホンザルの保全を考える上で、群れ間でのオスの移動情報は重要である。オスの場合、ミトコンドリアDNA(mtDNA)は1代限りで消失し、次世代には伝達されない。したがって、この特徴を利用すれば、成獣オスとその群れのメスや子供のmtDNAのハプロタイプを比較することで、オスの移出入を調べることが可能となる。保全上重要なデータになると考えられる。
    (方法)兵庫県内4つの地域個体群(美方、城崎、大河内、篠山)について、分析を行った。それぞれの地域個体群に所属している成獣オス7頭、計28頭を捕獲し、血液を採取し分析の試料とした。塩基配列の解読はPCRダイレクトシーケンス法を用いてmtDNA Dループ超可変領域2(HVR2)412塩基対について実施した.解読したmtDNAの塩基配列と兵庫県および隣接する京都府および鳥取県に生息している地域個体群メスのmtDNA塩基配列のデータと照合し、移動について検証を行った。
    (結果)分析した成獣オス28頭のうち23頭は、生息している地域個体群(メス及び子供)とは異なるハプロタイプを示した。美方地域個体群のオス4頭は大河内地域個体群、佐用地域個体群、篠山地域個体群、若狭地域個体群(鳥取)のハプロタイプ、城崎地域個体群のオス7頭は、美方地域個体群、篠山地域個体群、若狭地域個体群のハプロタイプ、篠山地域個体群のオス5頭は、篠山個体群とは異なるJN21JN35JN6と同一のハプロタイプ、大河内個体群のオス7頭は、すべて美方地域個体群のハプロタイプを示した。地域個体群間でオスの移動が認められた。
  • 松浦 正明
    肺癌
    2006年 46 巻 3 号 253-258
    発行日: 2006年
    公開日: 2006/07/11
    ジャーナル オープンアクセス
    目的.抗癌剤に対する副作用関連遺伝子探索のための一塩基多型(SNP)を用いたアソシエーション解析を考察し,統計学的検出力の高い方法を検討する.方法.主要なハプロタイプの数を考慮し,SNP単位での解析手法とハプロタイプ単位での解析手法の比較検討を行う.さらにハプロタイプブロックを考察する事により,ハプロタイプの数とアソシエーション解析における統計学的検出力との関係を調べる.結果.主要なハプロタイプの種類が2種類の場合はSNP単独の解析でも信頼性の高い結果を得られるが,主要なハプロタイプが3種類以上の場合は重要な関連遺伝子を見逃す可能性がある.副作用関連遺伝子の探索のためのアソシエーション解析で検出力を高めるためには,ハプロタイプブロックの適切な同定と,ハプロタイプの論理和モデルの利用が重要である.結論.抗癌剤の治療効果や副作用に関連する遺伝子やマーカーの探索のためのSNPを用いたアソシエーション解析における注意点と統計的検出力の高い解析法を提示した.
  • 飯田 雅絵, 菅野 愛美, 木島 明博
    日本水産学会誌
    2012年 78 巻 5 号 934-944
    発行日: 2012年
    公開日: 2012/10/11
    ジャーナル フリー
    電子付録
    ヤマトシジミ種内の地域集団構造を調べるため,東アジアから採取したヤマトシジミおよび対照群において mtDNA-COI領域のシーケンス分析を行った。その結果,ヤマトシジミ種内では,1)ロシア・北海道・本州日本海側グループ,2)太平洋側グループ,3)朝鮮半島北東グループ,4)朝鮮半島南西グループの 4 つの明確なクラスターに分かれ,地理的分化による地域集団構造が示唆された。一方,利根川と桑名の 2 地域から採取したサンプルは地理的関係を反映しておらず,過去の移植放流の影響が推測された。
  • 紙谷 年昭, 中山 祐一郎, 山口 裕文
    雑草研究
    2005年 50 巻 Supplement 号 14-15
    発行日: 2005/04/14
    公開日: 2010/02/24
    ジャーナル フリー
  • 杉浦 奈実, 井出 雄二, 齊藤 陽子, 湯 定欽
    日本森林学会大会発表データベース
    2014年 125 巻 P1-120
    発行日: 2014年
    公開日: 2014/07/16
    会議録・要旨集 フリー
    イチイガシは日本、中国大陸、台湾島に分布する。日本では長期にわたる伐採や生育地開発により個体数が減少している。また、社寺林に多く残るなど、古来からの人間との関わりが伺われる。本研究では、葉緑体DNAシーケンスにより本種の地理的な遺伝構造を調べ、その分布における人為影響を考察した。
     日本での分布域全体をカバーする、千葉県から宮崎県にかけての23産地に中国大陸1産地、台湾島5産地を加えた計29産地の葉サンプルについて、葉緑体DNAの4領域、計1800bpを解析した。
    その結果、置換・欠失変異に基づき10個のハプロタイプを検出した。一部に飛び地的なハプロタイプ分布が認められたものの、全体としては明瞭な地域性がみられた。日本では静岡県から九州中部にかけての広い範囲で同じハプロタイプが優占していたが、分布の端ではそれとは異なったハプロタイプが見られた。また、中国大陸・台湾島で採取されたサンプルからは日本のものとは異なるハプロタイプが検出され、共有はなかった。
     イチイガシは歴史的に長期にわたって個体数を減らしてきたと考えられるが、遺伝構造の乱れに繋がるような人為影響は限定的だったと推察される。
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